结论：事业单位仅缴纳“三险一金”一般不合法，但需结合具体情况判断。以下从不同角度展开分析：

1. 法定社会保险种类与事业单位的义务

根据《社会保险法》和《住房公积金管理条例》，用人单位（包括事业单位）必须为员工缴纳“五险一金”：

• 五险：养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险（2016年起生育保险并入医疗保险，但单位仍需承担相应费用）；
• 一金：住房公积金。

若事业单位仅缴纳三险（如养老、医疗、失业），未缴纳工伤、生育保险或住房公积金，则属于违法行为。工伤保险和生育保险的缺失会直接损害员工权益（如工伤赔偿、生育津贴），住房公积金的缺失则影响员工购房、租房等权益。

2. 特殊情况下的合法性例外

尽管“五险一金”是法定强制义务，但存在极少数例外情形：

• 非全日制员工：根据《劳动合同法》，非全日制员工可不缴纳工伤保险和生育保险，但需缴纳养老保险和医疗保险（具体以地方规定为准）；
• 退休返聘人员：若员工已享受养老保险待遇，单位可不缴纳养老保险，但需缴纳工伤保险（部分地区要求）；
• 政策性减免：极少数地区对特定困难单位有阶段性减免政策，但需经人社部门批准且仅限特定险种。

若事业单位以“非全日制”“退休返聘”等为由不缴全险，需严格核实员工身份和地方政策，否则仍属违法。

3. 事业单位的“特殊性”不构成免责理由

部分事业单位可能以“编制限制”“经费不足”等为由拒绝缴纳全险，但：

• 法律面前无特殊：事业单位作为公法人，更应模范遵守法律，其“特殊性”不能凌驾于《社会保险法》之上；
• 经费问题需内部解决：若因经费不足无法缴纳，单位应通过财政申请、预算调整等方式解决，而非转嫁风险至员工。

4. 员工维权路径

若发现单位未缴全险，员工可：

1. 与单位协商：要求补缴未缴险种，并保留书面沟通记录；
2. 向劳动监察部门投诉：携带劳动合同、工资条等证据，向当地人社局劳动监察大队举报；
3. 申请劳动仲裁：若单位拒不改正，可申请仲裁要求补缴社保并赔偿损失（如生育津贴损失）；
4. 提起诉讼：对仲裁结果不服的，可向法院起诉。

建议：若您所在事业单位存在此类情况，可先核实单位未缴的具体险种和原因，再根据上述路径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。