在涉嫌侵犯商业秘密且涉案金额达240万，双方已达成谅解并退款的情况下，处罚结果需结合刑事与民事法律综合判断，具体如下：

1. 刑事处罚层面
   根据《刑法》第219条，侵犯商业秘密罪的入罪标准包括“造成权利人损失50万元以上”或“违法所得30万元以上”。本案涉案金额240万已远超入罪标准，原则上需追究刑事责任。但若存在以下情节，可能从轻或减轻处罚：
   
   • 谅解协议的效力：双方达成谅解并退款属于“积极赔偿损失、取得谅解”的法定从宽情节（《刑事诉讼法》第288条），可争取不起诉（针对犯罪情节轻微的情况）或缓刑（若已起诉）。
     
   • 退款与损失的关联性：若240万为权利人实际损失，退款可能被认定为“退赃”，进一步降低量刑幅度；若为违法所得，退款可能影响“违法所得数额”的认定，但不影响犯罪成立。
     
   • 其他从轻情节：如自首、立功、初犯等，需结合具体案情判断。
     

量刑参考：根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》，侵犯商业秘密“造成损失数额在250万元以上的”属于“造成特别严重后果”，处三年以上七年以下有期徒刑。但若存在上述从宽情节，可能降至三年以下有期徒刑或缓刑。

1. 民事赔偿层面
   即使达成刑事谅解，权利人仍可单独提起民事诉讼要求赔偿。根据《反不正当竞争法》第17条，赔偿范围包括：
   
   • 实际损失：权利人因侵权减少的利润或侵权人因侵权获得的利润（以较高者为准）；
     
   • 合理开支：如调查费、律师费等；
     
   • 惩罚性赔偿：若侵权行为恶意明显（如故意泄露核心秘密），可按实际损失或获利的一至五倍赔偿。
     

谅解协议的影响：若双方在谅解协议中已约定赔偿金额（如退款240万），且该金额覆盖权利人实际损失，民事赔偿可能终结；若未覆盖，权利人仍可追偿差额。

1. 行政处罚层面
   市场监管部门可能依据《反不正当竞争法》第21条对侵权人处以“十万元以上一百万元以下罚款”；情节严重的，可吊销营业执照。但若刑事程序已启动，行政处罚通常与刑事处罚衔接，不重复处罚。

建议行动：

• 立即委托律师评估案件细节（如商业秘密的保密性、侵权行为与损失的因果关系等），以确定从宽情节的适用性；
  
• 与权利人完善谅解协议，明确赔偿范围、放弃民事追偿等条款，降低后续风险；
  
• 准备自首、退赃等材料，争取在侦查阶段取保候审或检察院阶段不起诉。
  

如有进一步案情细节（如商业秘密类型、侵权方式等），可向我补充说明，以便更精准分析。