在商业秘密刑事案件中，关于违法所得的赔偿问题，这是一个涉及法律实践与赔偿原则的综合考量。以下是我为您详细梳理的赔偿相关要点：

一、赔偿原则

赔偿的核心原则是全面赔偿原则，即赔偿应涵盖权利人因侵权行为所遭受的全部损失。这包括直接损失，如因商业秘密被侵犯导致的销售利润下降、市场份额减少等现实利益损失，以及间接损失，如为调查、制止侵权行为所支付的合理费用，还有商业信誉受损等难以直接量化的损失。

二、赔偿计算方式

1. 以权利人实际损失计算

   • 这通常涉及销售量减少的总数乘以每件产品的合理利润。若销售量难以确定，法院可能会参照侵权产品销售总数与合理利润的乘积来估算。
   • 实际损失还包括研制开发成本、现实利益损失及将来可得利益的合理预期。

2. 以侵权人侵权获利计算

   • 侵权获利是侵权人因侵权行为所获得的全部收入扣除合理成本后的余额。
   • 计算时，需从侵权产品销售收入或许可使用收入中减去原材料成本、设备折旧、人员工资等合理成本。
   • 法院会根据侵权人的生产经营规模、销售价格等因素来确定侵权获利。

3. 参照商业秘密许可使用费计算

   • 当实际损失和侵权获利均难以确定时，可以参照商业秘密许可使用费的倍数来确定赔偿数额，通常为1-3倍。
   • 这一计算方式会考虑侵权行为的性质、情节以及商业秘密的价值等因素。

4. 法定赔偿

   • 在实际损失、侵权获利及许可使用费均难以确定的情况下，法院会根据侵权行为的情节，在五万元至五百万元的范围内酌情确定赔偿数额。
   • 对于情节特别严重的侵权行为，赔偿上限可相应提高。

三、特殊赔偿考虑因素

1. 合理费用的支付

   • 权利人因调查、制止侵权行为所支付的律师费、公证费、调查取证费等合理费用，应由侵权人承担。

2. 惩罚性赔偿

   • 若侵权人故意侵犯商业秘密且情节严重，法院可能会在上述确定的赔偿数额基础上，按一定倍数（一般为1-5倍）计算惩罚性赔偿，以加大对侵权行为的惩处力度。

四、综合考量因素

在确定赔偿数额时，法院还会综合考虑以下因素：

• 商业秘密的性质、商业价值及创新程度。
• 研究开发成本及能带来的竞争优势。
• 侵权人的主观过错、侵权行为的性质、情节及后果。

五、建议

由于侵犯商业秘密的赔偿标准是一个复杂而细致的问题，涉及多个方面的考量，因此在实际操作中，我建议您咨询专业律师或相关机构进行详细评估和计算。他们可以根据您的具体情况，提供更为准确和个性化的赔偿建议。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。