侵犯商业秘密罪的损失应当退赔，这是基于法律规定的侵权人应承担的民事责任。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据与原则
法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百一十九条的规定，侵犯商业秘密行为给商业秘密的权利人造成重大损失的，侵权人不仅需承担刑事责任，还可能面临民事赔偿。
- 最高人民法院、最高人民检察院《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释（三）》进一步明确了“重大损失”和“其他严重情节”的具体量化标准，如损失数额在三十万元以上等，为损失退赔提供了具体的操作依据。
补偿原则：
- 填平原则：侵权人应赔偿权利人因侵权行为所遭受的全部实际损失，确保权利人的经济损失得到完全补偿。
- 合理费用：包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支，如律师费、调查取证费等，也应由侵权人承担。
二、损失计算方式
在侵犯商业秘密罪中，损失的计算方式多样，主要包括以下几种：
实际损失：
- 包括研发成本、市场价值损失、未来收益减少等。例如，若企业因商业秘密被泄露而失去市场份额或客户，导致销售额下降，这部分损失应计入实际损失，并由侵权人进行退赔。
侵权人获利：
- 若难以确定权利人的实际损失，可依据侵权人因侵权行为所获得的利益进行赔偿。这通常涉及侵权产品的销售量、利润等数据的核算，确保赔偿金额的合理性。
法定赔偿：
- 在实际损失或侵权人获利难以确定的情况下，法院可根据侵权行为的情节判决给予一定数额的法定赔偿金。这一数额通常在法律规定的范围内，并考虑侵权行为的性质、持续时间、影响范围等因素，为权利人提供了一定的保障。
惩罚性赔偿：
- 对于恶意侵权且情节严重的行为，法院可依法判决惩罚性赔偿。这一措施旨在加大对侵权行为的制裁力度，提高侵权成本，遏制类似行为的再次发生，同时也为权利人提供了更充分的赔偿。
三、补偿程序与注意事项
证据收集：
- 权利人需积极收集证明其损失的证据，如财务报表、销售数据、市场调研报告等。同时，还需证明侵权行为与损失之间的因果关系，确保赔偿请求的合理性。
协商与调解：
- 在提起诉讼前，权利人可与侵权人进行协商或寻求第三方调解机构进行调解，以达成和解协议。这种方式有助于快速解决纠纷，降低诉讼成本，同时也为双方提供了更多的沟通机会。
诉讼途径：
- 若协商无果，权利人可通过民事诉讼途径要求侵权人承担损害赔偿责任。在诉讼过程中，需遵循法定程序和举证规则，确保自身权益得到充分保障。法院将根据双方提供的证据和法律规定，作出公正的判决。
刑事附带民事诉讼：
- 在某些情况下，权利人可在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，要求侵权人赔偿经济损失。这种方式有助于将刑事责任与民事责任相结合，提高维权效率，同时也为权利人提供了更全面的法律保护。
总结与建议：
侵犯商业秘密罪的损失应当退赔，这是法律对侵权人的一种制裁方式，也是对权利人的一种保护。在实际操作中，权利人应积极收集证据，证明其损失和侵权行为之间的因果关系，以便在协商、调解或诉讼过程中获得充分的赔偿。同时，权利人也可以考虑在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，以更全面地维护自身权益。如果您在侵犯商业秘密罪方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。