侵犯商业秘密罪在民事责任层面确实包含责令停止侵害。以下是对此问题的详细分析：
一、民事责任中的停止侵害
法律依据：
- 根据民法的基本原理，以及《反不正当竞争法》等相关法律法规，侵犯商业秘密的行为人应当承担停止侵害的民事责任。这是为了防止侵权行为给商业秘密权利人造成更大的损失。
停止侵害的适用条件：
- 停止侵害一般是在法院对侵权诉讼的实体问题作出判决以后才采取的救济措施。但在某些情况下，如果商业秘密的权利人能够证明以下几点，法院也可以应权利人的申请在诉讼前或诉讼中先行作出停止侵害的裁定：
- 原告初步证明被告侵犯了其商业秘密；
- 如不停止侵权行为，将对权利人造成难以弥补的损失；
- 停止侵害不会给被告造成不合理的损害。
- 要求法院先行裁定停止侵害的权利人应当提供担保。
停止侵害的具体措施：
- 对于记载或者体现商业秘密的物理载体，侵权人应当依法返还权利人，或者在权利人的监督下销毁。
- 对于侵权人已经非法获得但尚未披露、使用或者允许第三人使用他人的商业秘密的，侵权人不得披露、使用或者许可他人使用。
二、其他民事责任
除了停止侵害外，侵犯商业秘密的行为人还可能承担以下民事责任：
赔偿损失：
- 侵权人需要依据法律规定的标准对权利人的损失予以补偿。这包括权利人因侵权行为所遭受的直接经济损失，以及因调查侵权行为所支付的合理费用。
不适用消除影响、赔礼道歉：
- 商业秘密侵权案件一般不适用消除影响、赔礼道歉的民事责任方式。这是因为商业秘密的核心在于其秘密性，一旦公开，就无法恢复原状。
三、刑事责任与行政责任
虽然您的问题主要关注民事责任，但值得注意的是，侵犯商业秘密的行为在情节严重时可能构成犯罪，需要承担刑事责任。同时，根据《反不正当竞争法》的规定，工商行政管理机关也可以对侵犯商业秘密的行为人处以罚款等行政责任。不过，如果侵犯商业秘密的行为构成犯罪，行为人承担刑事责任后，就不需要再承担行政责任。
总结与建议：
- 侵犯商业秘密罪在民事责任层面确实包含责令停止侵害，这是为了保护商业秘密权利人的合法权益，防止侵权行为造成更大的损失。
- 如果您或您的企业遭遇了商业秘密侵权，建议及时收集证据，并向法院提起诉讼，要求侵权人承担停止侵害、赔偿损失等民事责任。
- 在处理此类案件时，务必咨询专业律师，以确保您的权益得到充分保护。
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