关于两家企业商业秘密重叠的处罚问题，这并非一个简单的“一刀切”的处罚场景，而是需要根据具体情况来综合判断和处理的。以下是我从不同角度为你详细分析的情况：
若重叠部分商业秘密系一方非法获取或使用另一方的：
- 法律背景：根据《反不正当竞争法》的相关规定，经营者不得实施侵犯商业秘密的行为，包括以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫、电子侵入或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密，以及披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密等。
- 法律后果：若一方企业非法获取或使用了另一方的商业秘密，且该部分商业秘密在两家企业中存在重叠，那么非法获取或使用的企业将面临法律责任，包括但不限于停止侵权行为、赔偿损失、消除影响等。在情节严重的情况下，还可能构成犯罪，如侵犯商业秘密罪，将受到刑事处罚。
若重叠部分商业秘密系双方独立研发或合法获取，但存在使用上的冲突或争议：
- 法律背景：在这种情况下，两家企业可能都拥有合法的商业秘密权利，但由于商业秘密的特殊性（如保密性、价值性等），双方在使用上可能产生冲突或争议。
- 法律建议：首先，双方应尝试通过协商、调解等方式解决争议，以达成互利共赢的解决方案。若协商、调解无果，双方可以考虑通过仲裁或诉讼等法律途径来解决争议。在处理过程中，需要充分证明各自商业秘密的独立性、合法性以及使用上的合理性。
若重叠部分商业秘密涉及第三方权益或公共利益：
- 法律背景：在某些情况下，两家企业的商业秘密重叠可能涉及第三方权益或公共利益，如消费者权益、环境保护等。
- 法律后果与建议：在这种情况下，处理争议时需要更加谨慎和全面。一方面，要保护企业的合法权益和商业秘密；另一方面，也要充分考虑第三方权益和公共利益的保护。若争议无法通过协商、调解等方式解决，且可能对第三方权益或公共利益造成重大影响，那么可能需要政府相关部门或司法机关介入处理。
在处理两家企业商业秘密重叠的问题时，还需要注意以下几点：
- 保密义务：无论争议如何处理，双方都应继续履行保密义务，防止商业秘密的进一步泄露和扩散。
- 证据收集：在处理争议过程中，双方应积极收集证据，以证明各自商业秘密的独立性、合法性以及使用上的合理性。
- 法律合规：在处理争议时，双方应确保自己的行为符合法律法规的规定，避免因违法行为而承担法律责任。
若你面临两家企业商业秘密重叠的具体问题或争议，建议直接向我咨询。我可以根据你的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议和解决方案。