当两个公司的商业秘密存在重叠时，首先需明确的是，这并不意味着双方都自动获得了对重叠部分的合法使用或控制权，而是需要通过法律手段来明确各自的权利边界，并采取措施防止商业秘密的泄露和不当使用。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律层面的分析
商业秘密的定义与保护：
- 商业秘密是指不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。
- 根据《反不正当竞争法》等相关法律法规，商业秘密受法律保护，任何单位或个人不得以不正当手段获取、披露、使用或允许他人使用权利人的商业秘密。
重叠部分的权利归属：
- 当两个公司的商业秘密存在重叠时，首先需要确定重叠部分的具体内容、来源以及各自对重叠部分的贡献。
- 如果重叠部分是由一方独立开发或获取，并采取了保密措施，那么该方通常对重叠部分享有合法的商业秘密权利。
- 如果重叠部分是双方共同开发或合作过程中产生的，那么可能需要通过合同或协议来明确各自的权利和义务。
法律责任与风险：
- 如果一方未经另一方同意，擅自使用或披露重叠部分的商业秘密，可能构成侵权行为，需要承担法律责任，包括赔偿损失、停止侵权等。
- 双方应尽量避免因商业秘密重叠而引发的法律纠纷，通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。
二、实践层面的建议
加强保密措施：
- 双方应加强对各自商业秘密的保护，包括完善保密制度、签订保密协议、限制访问权限等。
- 对于重叠部分，双方可以协商制定专门的保密措施，以确保信息的安全性和保密性。
明确权利边界：
- 双方可以通过协商、签订协议或寻求法律途径来明确重叠部分的权利边界和使用方式。
- 如果可能的话，双方可以共同开发或利用重叠部分，以实现互利共赢。
寻求法律帮助：
- 如果双方无法就重叠部分的权利边界达成一致，或者存在侵权行为，可以寻求专业律师的帮助。
- 律师可以协助双方进行协商、调解或提起诉讼，以维护各自的合法权益。
三、特殊情况的处理
合作开发中的商业秘密：
- 如果重叠部分是在双方合作开发过程中产生的，那么双方应事先在合作协议中明确商业秘密的归属、使用方式和保密义务。
- 合作结束后，双方应按照协议约定处理商业秘密的后续事宜，避免产生纠纷。
竞业限制与保密义务：
- 如果双方员工存在竞业限制或保密义务，那么应确保这些义务在重叠部分商业秘密的处理中得到严格遵守。
- 违反竞业限制或保密义务的员工可能面临法律责任，同时也会给公司带来损失。
总结来说，当两个公司的商业秘密存在重叠时，双方应通过法律手段明确各自的权利边界，加强保密措施，并寻求专业律师的帮助以维护各自的合法权益。如果遇到具体问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的解答。