在诉讼中，若原告与被告的证据出现冲突，法院会依据法定程序和证据规则进行综合判断，以查明案件事实。具体处理方式如下：

1. 证据审查与质证
   法院首先会对双方提交的证据进行形式审查，确认其合法性、关联性和真实性。在庭审阶段，双方需对对方证据进行质证，包括对证据来源、证明力、与案件事实的关联性等提出异议或认可。例如，若一方提交的书面合同存在涂改痕迹，另一方可质疑其真实性，法院将结合其他证据（如履行情况、证人证言等）综合判断。

2. 证据优势原则（优势盖然性标准）
   当双方证据均无法直接证明待证事实时，法院会依据“高度盖然性”标准，选择更符合逻辑和经验法则的证据作为认定依据。例如，在民间借贷纠纷中，若原告仅提供转账记录，被告主张系还款并提供聊天记录佐证，法院可能结合双方交易习惯、资金往来频率等，判断哪方主张更可信。

3. 举证责任分配
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，举证责任通常由主张积极事实的一方承担。若一方未能完成举证责任，且对方证据形成优势，法院可能驳回其主张。例如，在侵权纠纷中，原告需证明被告存在过错、损害结果及因果关系；若被告提出抗辩（如已尽安全保障义务），则需由其承担相应举证责任。

4. 辅助证据与间接证据的运用
   当直接证据缺失时，法院可能通过间接证据链还原事实。例如，在合同纠纷中，若双方对合同条款存在争议，法院可能结合履行行为（如交货、付款记录）、行业惯例、当事人后续沟通记录等，推断双方真实意思表示。

5. 专家鉴定与调查取证
   对专业性较强的事实（如医疗损害、工程质量），法院可能委托第三方机构鉴定，或依职权调查取证。例如，在医疗纠纷中，法院可能委托医学会对诊疗行为是否违规进行鉴定，以弥补当事人专业能力的不足。

建议：

• 若您作为当事人，需在举证期限内提交完整证据，并针对对方证据准备质证意见，重点指出其矛盾点或不合理之处；
  
• 若证据存在瑕疵（如未原件、证人未出庭），可提前申请法院调查取证或补充证据；
  
• 庭审中应围绕证据“三性”（合法性、关联性、真实性）展开辩论，避免脱离证据的主观推测。
  

如需进一步分析具体案情中的证据冲突处理，可提供更多细节，我将结合法律条文和实务经验为您详细解答。