协议出让的土地上建筑物是否需要评估，需分情况讨论，具体如下：

1. 若协议出让土地时，建筑物已存在且属于出让范围
   根据《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》及《民法典》相关规定，土地使用权出让合同中若明确包含地上建筑物、其他附着物的所有权转让，则建筑物价值通常已包含在土地出让总价中，无需单独评估。但需注意：

   • 若合同未明确建筑物价值占比，或涉及国有资产（如政府机关、国企名下房产），可能需按《国有资产评估管理办法》进行评估，以防止国有资产流失；
     
   • 若建筑物存在抵押、查封等权利限制，需评估其市场价值以确定权利负担对交易的影响。

2. 若协议出让土地后，需新建或改建建筑物
   根据《城乡规划法》及《招标拍卖挂牌出让国有建设用地使用权规定》，新建建筑物需符合规划条件，且可能涉及以下评估场景：

   • 规划条件变更：若需调整容积率、建筑密度等规划指标，可能需评估补缴土地出让金的数额；
     
   • 在建工程转让：若土地使用权人将未完工的建筑物转让，需评估在建工程价值以确定转让价格；
     
   • 融资需求：若以建筑物抵押融资，金融机构通常要求评估其抵押价值。

3. 若协议出让土地涉及特殊用途（如工业用地转商业用地）
   根据《节约集约利用土地规定》，改变土地用途需补缴土地出让金差价，此时需评估：

   • 原用途土地使用权剩余年限的市场价值；
     
   • 新用途土地使用权的市场价值；
     
   • 建筑物按新用途改造或重建的成本及收益。

建议：

• 协议出让前，务必在合同中明确建筑物是否包含在出让范围内，并约定价值评估条款（如“以XX机构评估结果为准”）；
  
• 若涉及国有资产或特殊用途土地，建议提前咨询自然资源部门或住建部门，确认是否需要强制评估；
  
• 交易过程中如遇权利限制或规划变更，及时委托专业评估机构出具报告，避免后续纠纷。
  

如有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我提供细节，我会进一步结合法律条文为您解读。