在法院判决贴现款与票据互相返还的实务中，电子商业承兑汇票的返还主要通过票据系统操作完成，具体流程及注意事项如下：

1. 返还流程
   根据《电子商业汇票业务管理办法》及相关司法实践，电子商业承兑汇票的返还需通过电子商业汇票系统（ECDS）操作，具体步骤为：

   • 原持票人发起撤销或退回申请：若票据尚未到期且未被提示付款，原持票人（即贴现申请人）需在系统中发起票据撤回或退回申请，需提供法院判决文书作为依据。
     
   • 贴现银行配合操作：贴现银行需根据法院判决，在系统中确认撤销贴现记录，并将票据状态恢复至“可转让”或退回至原持票人账户。
     
   • 系统自动更新票据状态：ECDS系统会实时更新票据权利归属，确保票据返还的合法性与可追溯性。
     

2. 实务难点与应对

   • 票据已到期或被提示付款：若票据已到期或已被提示付款，返还可能涉及资金划转问题。此时需法院出具协助执行通知书，要求付款银行暂停支付或追回款项，再通过系统操作返还票据。
     
   • 贴现银行不配合：若贴现银行以各种理由拒绝返还，可依据法院判决向法院申请强制执行，由法院直接向贴现银行发出执行裁定，强制其配合返还票据。
     
   • 票据权利瑕疵：若票据存在背书不连续、伪造签章等瑕疵，需先通过司法程序确认票据权利归属，再依据生效判决进行返还。
     

3. 风险防范建议

   • 保留完整证据链：在返还过程中，务必保留法院判决文书、系统操作记录、沟通函件等证据，以备后续争议。
     
   • 及时申请财产保全：若担心票据或资金被转移，可在诉讼阶段申请财产保全，冻结票据或相关账户。
     
   • 咨询专业律师：电子商业汇票返还涉及复杂法律与技术问题，建议提前咨询律师，制定详细操作方案。
     

总结：电子商业承兑汇票的返还需严格依赖ECDS系统操作，并结合法院判决与银行配合。实务中需重点关注票据状态、银行配合度及证据保留问题，必要时可通过强制执行程序保障权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。