核心结论：公司破产清算时员工拒绝离职，需根据具体情况通过合法途径处理，包括协商、劳动仲裁或诉讼等。以下是具体分析：

1. 法律关系与员工权利
   根据《中华人民共和国企业破产法》第四十八条，员工对破产企业享有工资、医疗、伤残补助、抚恤费用等债权，且属于优先清偿范围。但员工拒绝离职本身不直接阻碍破产清算程序，企业需通过法定程序解除劳动关系。若员工主张经济补偿或赔偿，需依据《劳动合同法》第三十八条（如未及时支付劳动报酬）或第四十四条（劳动合同终止情形）主张权利。

2. 企业应对措施

   • 协商解除：企业可与员工协商一致解除劳动合同，并依法支付经济补偿（按工作年限，每满一年支付一个月工资）。
     
   • 单方解除：若员工存在《劳动合同法》第三十九条规定的过错（如严重违纪、失职造成重大损失等），企业可单方解除合同且无需支付补偿，但需承担举证责任。
     
   • 破产程序中的终止：根据《企业破产法》第十八条，管理人对破产申请受理前成立而双方均未履行完毕的合同有权决定解除或继续履行。若劳动合同属于此类，管理人可通知员工解除合同，但需依法支付补偿。

3. 员工拒绝离职的后果
   若员工无正当理由拒绝离职，企业可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认劳动关系解除并办理离职手续。仲裁裁决后，企业可凭裁决书向法院申请强制执行，要求员工搬离办公场所、交接工作等。若员工行为构成侵权（如占用企业财产），企业可另行提起民事诉讼。

4. 特殊情形处理

   • 孕期、产期、哺乳期女职工：根据《劳动合同法》第四十五条，劳动合同需顺延至相应情形消失时终止，企业不得单方解除。
     
   • 工伤员工：需根据《工伤保险条例》处理工伤待遇后，再依法解除或终止劳动合同。
     
   • 集体争议：若多名员工拒绝离职，企业需通过工会或职工代表大会协商，避免群体性事件。

建议：企业应优先通过协商或法律程序解决，避免强行驱离引发法律风险。如有具体案例或证据材料，可进一步向我咨询，我将结合细节提供针对性方案。