结论：在职业健康安全与环境保护责任协议书中，一般不可以收取安全保证金，但具体需结合协议内容、目的及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从法律原则角度分析
合法性原则：
- 根据我国相关法律法规，如《劳动合同法》、《安全生产法》等，并未明确规定在职业健康安全与环境保护责任协议书中可以收取安全保证金。
- 收取保证金的行为需有明确的法律依据，否则可能构成违法。例如，若以安全保证金为名行扣押工资或变相收费之实，则违反了《劳动合同法》中关于禁止扣押劳动者证件、要求提供担保或收取财物的规定。
公平性原则：
- 协议双方应在平等、自愿的基础上签订协议，收取安全保证金可能破坏这种平等性，尤其是当保证金数额较大或收取方式不合理时。
- 公平性原则要求协议内容应合理分配双方的权利和义务，收取安全保证金可能加重一方的负担，从而违反公平性原则。
二、从协议内容角度分析
协议目的：
- 若协议的主要目的是明确双方在职业健康安全与环境保护方面的责任和义务，那么收取安全保证金并非实现这一目的的必要手段。
- 相反，通过明确责任、加强监管和处罚力度等方式，可以更有效地促进双方履行协议义务。
保证金性质：
- 即使协议中约定了收取安全保证金，也需明确保证金的性质、用途和退还条件等。
- 若保证金被用于弥补一方因另一方违约而遭受的损失，那么这种约定可能具有一定的合理性。但即便如此，也需确保保证金的数额合理、收取方式合法，并明确退还条件和程序。
三、从实际操作角度分析
风险防控：
- 收取安全保证金可能被视为一种风险防控措施，但并非唯一或最佳措施。
- 双方可以通过加强沟通、建立有效的监管机制、定期进行安全检查和评估等方式来降低风险，而不是仅仅依赖保证金的收取。
法律后果：
- 若未经劳动者同意或违反法律规定收取安全保证金，可能面临法律制裁，如被责令退还、罚款等。
- 此外，这种行为还可能损害企业的声誉和形象，影响与劳动者的关系，从而对企业的长期发展产生不利影响。
四、特殊情况下的考虑
- 在某些特殊行业或领域，如建筑施工、危险化学品生产等，可能因行业特殊性或安全风险较高而需要采取额外的安全保障措施。
- 即便如此，也需确保这些措施符合法律法规的规定，并充分考虑劳动者的权益和利益。例如，可以通过购买商业保险、建立安全风险基金等方式来替代或补充安全保证金的收取。
建议：在签订职业健康安全与环境保护责任协议书时，双方应充分协商、明确责任和义务，并避免收取安全保证金等可能违反法律法规或损害劳动者权益的行为。若确实需要采取一定的安全保障措施，应确保这些措施合法、合理且有效。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。