总公司是可以跟分公司签订租赁协议的，但这一行为需要在法律框架内进行，并确保租赁行为的合法性、合规性以及税务处理的准确性。以下是对这一问题的详细分析：

一、分公司与总公司的法律关系

分公司作为总公司的附属机构，在业务、资金、人事等方面受总公司管辖，不具有独立的法人资格。其民事责任原则上由总公司承担，但在实际运营中，分公司具有相对独立的经营活动能力，包括在一定范围内签订合同的能力。

二、分公司签订租赁协议的条件

1. 有营业执照的分公司：

   • 此类分公司具备一定的经营资格，具有在营业执照登记的经营范围之内对外签订合同的权利能力与行为能力。
   • 总公司与分公司签订租赁协议时，分公司可以以自己的名义签订，并需独立承担合同中约定的责任（当然，在法律上，最终责任可能仍由总公司承担，但合同上的名义责任方是分公司）。

2. 无营业执照的分公司：

   • 没有领取营业执照的分公司不具备合法经营资格，也不具备独立签订合同的能力。
   • 如果无营业执照的分公司需要租赁总公司的场地，应由总公司来签署合同，或者由总公司授权分公司签署，并在事后进行追认，以确保合同的合法性和有效性。

三、租赁协议的重要性及签订要点

1. 明确权利义务：

   • 租赁协议应明确租赁双方的权利和义务，包括但不限于租金金额、支付方式、租赁期限、维修责任以及违约责任等条款。

2. 遵循法律法规：

   • 签订合同时，应遵循相关法律法规的规定，确保合同的合法性和有效性。例如，租赁协议应符合《中华人民共和国民法典》中关于租赁合同的规定。

四、税务处理及注意事项

1. 增值税处理：

   • 分公司和总公司作为两个不同的增值税纳税人（除非经过税务局审批同意汇总缴纳），在租赁行为中需按照税法规定进行税务处理。特别是无偿租用不动产时，需视同销售缴纳增值税。

2. 企业所得税处理：

   • 对于企业所得税，分公司与总公司可按照相关规定办理汇总纳税。但需注意，免租金使用总公司房屋对企业所得税没有影响的前提是符合相关规定。

3. 凭证和资料管理：

   • 在税务处理过程中，应确保所有相关凭证和资料的完整性和准确性，以便税务机关进行审查和核实。

五、法律风险及防范措施

1. 房屋合法性：

   • 分公司在出租（或承租，此处指分公司作为承租方）房屋前，必须确保所出租（或承租）的房屋符合所有法律要求，包括但不限于房屋已通过综合验收、具有产权证以及具备房屋租赁证件等。

2. 合同审查和更新：

   • 应定期对租赁合同进行审查和更新，以适应市场变化和法律法规的调整。

3. 争议解决：

   • 对于租赁过程中出现的任何问题或争议，应及时与总公司协商解决，必要时可寻求法律援助或诉诸法律程序。

总结：总公司与分公司签订租赁协议是可行的，但需确保分公司具备相应的经营资格（如有营业执照），并遵循相关法律法规和税务处理规定。通过签订正式的租赁合同、明确双方权利义务、妥善处理税务问题以及采取有效的法律风险防范措施，可确保租赁行为的合法性、合规性以及双方的权益得到保障。