二审判决确认存在劳动关系后，申请再审通常不会直接影响已生效的工伤认定结论，但可能因劳动关系争议的再审结果间接影响工伤赔偿的履行或执行。以下从不同角度详细分析：

1. 工伤认定的前提是劳动关系存在，二审判决已确认劳动关系

• 根据《工伤保险条例》第十八条，申请工伤认定需提交“与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料”。若二审判决已明确确认劳动者与用人单位存在劳动关系，该判决具有法律效力，社保部门或法院在工伤认定阶段通常不会推翻已生效的民事判决。
• 例外情形：若用人单位在工伤认定阶段提出新证据（如劳动合同伪造、劳动者实际与其他单位存在劳动关系等），且该证据足以推翻二审判决，社保部门可能中止工伤认定，待劳动关系争议解决后再恢复。但实践中，此类情形极少见，因再审审查标准严格，新证据需满足“足以推翻原判决”的实质性要求。

2. 申请再审期间，工伤认定结论的效力

• 再审不停止执行原则：根据《民事诉讼法》第二百一十三条，再审申请期间不停止原判决、裁定的执行。因此，即使用人单位申请再审，二审确认劳动关系的判决仍有效，工伤认定结论通常不受影响。
• 工伤赔偿的履行：若工伤认定结论已生效，劳动者可依据《工伤保险条例》要求用人单位支付工伤待遇（如医疗费、伤残补助金等）。若用人单位拒不履行，劳动者可申请法院强制执行。再审程序本身不会中止执行，但若用人单位提供充分担保或法院认为执行可能造成难以弥补的损失，可能裁定中止执行。

3. 再审结果对工伤认定的潜在影响

• 再审改判劳动关系不存在：若再审法院最终改判劳动者与用人单位不存在劳动关系，则工伤认定的前提被撤销，已生效的工伤认定结论可能被撤销或确认无效。此时，劳动者需通过民事诉讼主张人身损害赔偿（如提供劳务者受害责任纠纷），但赔偿标准通常低于工伤待遇。
• 再审维持原判：若再审法院维持二审判决，则劳动关系确认无误，工伤认定结论继续有效，用人单位需按工伤待遇标准赔偿。

4. 实务建议

• 劳动者：若二审已确认劳动关系，应尽快申请工伤认定并要求用人单位履行赔偿义务。即使用人单位申请再审，也可依据生效判决主张权利，避免因拖延导致证据灭失或超过诉讼时效。
• 用人单位：若认为二审判决错误，可在申请再审的同时，通过合法途径（如提供新证据、申请检察监督）推动劳动关系争议的解决。但需注意，再审成功率较低，应谨慎评估风险。

总结：二审判决确认劳动关系后，申请再审通常不会直接否定工伤认定结论，但可能因再审结果间接影响赔偿的履行或执行。建议劳动者及时主张权利，用人单位理性评估再审必要性。如有具体案情，可进一步向我咨询。