结论：合同上“证件一切办理费用”是否包含施工费，需根据合同具体条款、双方约定及行业惯例综合判断，无法一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的明确性

   • 若合同明确约定：若合同中明确列明“证件一切办理费用”包含施工费，或施工费作为证件办理费用的一部分被详细列出，则施工费应被视为包含在内。此时，双方应按照合同约定履行，无需额外争议。
   • 若合同未明确约定：若合同中未明确提及施工费是否包含在证件办理费用中，则需进一步分析合同的其他条款、双方交易习惯或行业惯例。

2. 合同解释原则

   • 文义解释：首先，根据合同文本的字面含义进行解释。若“证件一切办理费用”从字面上看仅指与证件办理直接相关的费用，而不包括施工费，则施工费可能不被视为包含在内。
   • 目的解释：其次，考虑合同的目的和交易习惯。若施工是证件办理的必要环节，且双方在签订合同时均预期施工费会作为证件办理费用的一部分，则施工费可能被视为包含在内。
   • 整体解释：最后，将合同的所有条款作为一个整体进行解释。若合同中的其他条款或附件对“证件一切办理费用”有进一步的说明或限制，则应结合这些条款进行综合判断。

3. 行业惯例与交易习惯

   • 在建设工程领域，施工费通常与具体的施工活动相关，而证件办理费用则可能与项目审批、许可等行政手续相关。然而，在某些情况下，施工可能是证件办理的前提或必要条件，此时施工费可能被视为证件办理费用的一部分。
   • 若双方在交易过程中形成了特定的交易习惯或行业惯例，且这些习惯或惯例对“证件一切办理费用”是否包含施工费有明确的规定或解释，则应遵循这些习惯或惯例。

4. 法律后果与建议

   • 若施工费被视为包含在内：则发包方无需额外支付施工费，承包方应按照合同约定完成施工并办理相关证件。
   • 若施工费未被视为包含在内：则发包方需与承包方就施工费进行额外协商，并签订补充协议明确双方的权利和义务。若协商不成，可能引发合同纠纷，双方需通过法律途径解决。
   • 建议：为避免类似争议的发生，双方在签订合同时应尽可能明确、具体地约定“证件一切办理费用”的范围和内容，包括是否包含施工费、施工费的具体金额或计算方式等。同时，双方应保留好与合同履行相关的所有证据和资料，以便在发生争议时能够提供有力的支持。

进一步思考：在实际操作中，合同条款的明确性和完整性对于避免争议至关重要。因此，双方在签订合同时应充分沟通、协商，确保合同条款能够准确反映双方的真实意愿和交易内容。若遇到复杂或模糊的合同条款，建议及时咨询专业律师进行解释和澄清。