结论：在盗窃案件中，如果已经认罪认罚且案件已进入法院审理阶段，一般情况下，检察院不会撤回起诉，但存在一些特殊情况可能影响最终处理结果。

分析：

1. 认罪认罚与起诉的关系：

   • 认罪认罚是犯罪嫌疑人或被告人对指控的犯罪事实没有异议，并接受刑罚处罚的一种态度。在刑事诉讼中，认罪认罚通常被视为一种从宽处理的情节，但并不意味着检察院会因此撤回起诉。
   • 检察院提起公诉是基于对犯罪事实的认定和法律的适用，一旦案件进入法院审理阶段，检察院通常不会轻易撤回起诉，除非出现新的证据或事实表明原起诉有误。

2. 盗窃两年三次的情节：

   • 盗窃两年三次可能构成多次盗窃，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，多次盗窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。
   • 认罪认罚可能在一定程度上减轻处罚，但并不能改变犯罪事实和法律定性。

3. 法院审理阶段的可能性：

   • 在法院审理阶段，如果被告人提出新的证据或事实，或者检察院发现原起诉存在错误或遗漏，法院可能会建议检察院补充侦查或撤回起诉。但这种情况相对较少，且需要严格的法律程序和证据支持。
   • 如果被告人确实存在从轻或减轻处罚的情节，如认罪认罚、退赃退赔等，法院在量刑时会予以考虑，但通常不会因此改变起诉的决定。

4. 特殊情况：

   • 如果盗窃行为情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，或者犯罪已过追诉时效期限的，或者经特赦令免除刑罚的，或者依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的，以及犯罪嫌疑人、被告人死亡的等情形，检察院可能会撤回起诉。但这些情况在盗窃案件中相对罕见。

建议：

• 既然案件已经进入法院审理阶段，被告人应积极配合法院的审理工作，如实陈述事实，提供相关证据。
• 如果被告人认为存在从轻或减轻处罚的情节，如认罪认罚、退赃退赔等，应及时向法院提出，并在量刑时予以考虑。
• 被告人也可以考虑与检察院或法院进行沟通，了解案件的具体情况和可能的处理结果，以便更好地维护自己的合法权益。

后续行动：

• 被告人应继续关注案件的审理进展，及时了解法院的通知和要求。
• 如有需要，被告人可以寻求专业律师的帮助，以便更好地应对案件的审理和可能的法律后果。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。