厂房改造无施工许可证擅自开工，将面临一系列严重的法律后果，具体如下：
行政责任：
- 责令停止施工：根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条及《建筑工程施工许可管理办法》（2021年修订本）第十二条，对于未取得施工许可证擅自施工的项目，相关部门将责令其停止施工并限期改正。这是为了防止违法行为持续，避免可能的安全隐患和违法建设进一步扩大。
- 罚款：建设单位将被处以工程合同价款1%以上2%以下的罚款，具体数额依据工程合同金额计算；施工单位则可能面临3万元以下的罚款。罚款金额会根据项目规模、违法行为持续时间及社会影响等因素综合考量。
- 通报批评与限制从业：建设行政主管部门还可能对建设单位、施工单位等责任主体进行通报批评，影响其社会声誉。对于存在严重违法违规行为的建设单位及其相关负责人，主管部门有权采取限制从业的措施，如禁止其在一定期限内参与工程项目的投标和建设活动。
民事责任：
- 合同效力及违约责任：若施工合同中明确约定以取得施工许可证为开工条件，则擅自开工构成违约。违约方需承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。同时，这也可能影响合同的整体效力，给双方带来不必要的法律纠纷。
- 工期及费用争议：由于擅自开工可能导致项目被责令停止施工，进而引发工期延误。这可能导致逾期竣工的违约金支付、材料价格波动和人工成本增加的额外费用争议，给建设单位和施工单位都带来经济损失。
- 质量与安全责任：擅自开工缺乏必要的行政监管和前期准备，工程质量和安全难以保障。若出现质量问题或安全事故，建设单位和施工单位需对因工程质量不合格给他人造成的人身、财产损失承担民事赔偿责任。
刑事责任（在发生严重安全事故时）：
- 重大安全事故罪：若未取得施工许可证的工程项目发生重大安全事故，造成重大伤亡或经济损失，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，相关责任人员可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。若后果特别严重，刑罚可达五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
- 其他潜在罪名：在擅自开工过程中，若存在虚报材料、行贿等行为，还可能触犯虚报注册资本罪、行贿罪等其他罪名，相关责任人员将面临相应的刑事处罚。
项目进度与后续手续办理受阻：
- 未取得施工许可证的项目可能因缺乏合法证明而无法顺利进行，甚至可能导致停工或被迫拆除。此外，没有施工许可证的项目在竣工验收、产权办理等环节也可能遇到障碍，增加时间和经济成本。
建议：
- 严格遵守法律法规：建设单位和施工单位应严格遵守相关法律法规，确保在开工前依法办理施工许可证，以保障项目的合法性、安全性和质量可控性。
- 进行法律合规审查：在开工前进行全面的法律合规审查，确保所有必要手续齐全。如有需要，可以咨询专业律师以降低法律风险。
- 积极配合相关部门调查和处理：若项目已被责令停止施工，建设单位应积极配合相关部门的调查和处理工作，及时补办施工许可证或开工报告批准手续，以便项目能够合法继续施工。
厂房改造无施工许可证擅自开工的后果是严重的，不仅可能面临行政处罚和民事赔偿，还可能承担刑事责任。因此，务必确保在开工前依法办理所有必要手续。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。