虚构合同并取得发票已入账属于违法行为，需承担相应法律责任，应立即采取补救措施并配合相关部门调查。以下从法律责任、补救措施、后续风险防范三个角度详细说明：

一、法律责任分析

1. 行政责任
   根据《发票管理办法》第二十二条，虚构交易开具发票属于“虚开发票”行为，税务机关可对单位处5万元以上50万元以下罚款，对直接责任人处1万元以上10万元以下罚款；若涉及偷逃税款，还需补缴税款、滞纳金，并处偷税金额50%至5倍罚款。

2. 刑事责任

   • 若虚开发票金额较大（如增值税专用发票税款数额达1万元以上，或普通发票金额达40万元以上），可能构成《刑法》第二百零五条之一的“虚开发票罪”，处2年以下有期徒刑、拘役或管制，并处罚金；
     
   • 若通过虚构合同偷逃税款且数额较大（如占应纳税额10%以上），可能同时构成“逃税罪”，处3年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。

3. 民事责任
   若虚构合同损害第三方利益（如供应商、合作伙伴），需承担《民法典》第一百四十八条规定的“欺诈”责任，对方有权请求撤销合同并要求赔偿损失。

二、紧急补救措施

1. 立即停止使用虚假发票
   已入账的虚假发票需从财务系统中剔除，调整相关账目，避免税务机关检查时扩大风险。

2. 主动向税务机关坦白
   携带虚假合同、发票、财务记录等材料，向主管税务机关说明情况，争取从轻处理（如《行政处罚法》第三十二条规定的“主动消除危害后果”情形）。

3. 补缴税款及滞纳金
   根据实际交易情况重新计算应纳税额，主动补缴税款及每日万分之五的滞纳金，减少罚款比例。

三、后续风险防范

1. 完善内部合规制度

   • 建立合同审核机制，要求业务部门提供交易真实性的证明材料（如物流单据、付款记录）；
     
   • 定期对财务人员进行税务合规培训，避免因疏忽接受虚假发票。

2. 对供应商/客户进行尽职调查
   与新合作方签订合同前，通过国家企业信用信息公示系统、裁判文书网等渠道核查其经营资质及涉诉记录，降低合作风险。

3. 保留证据链
   若虚构合同系被他人胁迫或欺骗所为，需立即报警并保留相关证据（如聊天记录、录音），后续可主张“被胁迫”作为免责事由。

提示：若已收到税务机关《税务检查通知书》或《税务行政处罚事项告知书》，需在3日内提出陈述、申辩意见，或申请听证，避免错过权利救济期限。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。