核心结论：门店甲方不允许转让时，损失的计算需结合合同约定、实际损失情况及双方过错程度综合判定，具体可分为以下几种情况：

1. 合同有明确约定
   若租赁合同中明确约定“承租方不得擅自转租，否则需支付违约金/赔偿损失”，则损失计算需优先遵循合同条款。例如：

   • 合同约定违约金为月租金的2倍，且甲方实际损失未超过该金额，则乙方需按约定支付违约金；
     
   • 若甲方能证明实际损失（如重新招租的空置期租金、中介费等）高于合同约定违约金，可主张按实际损失赔偿，但需以乙方违约行为与损失之间的因果关系为前提。

2. 合同无约定或约定不明
   若合同未明确禁止转租或未约定违约责任，则需根据《民法典》相关规定处理：

   • 甲方不同意转租的合法性：根据《民法典》第716条，承租人经出租人同意可将租赁物转租给第三人；未经同意转租的，出租人可解除合同。若乙方未经同意转租，甲方有权要求解除合同并主张损失，损失范围包括直接损失（如租金差价、重新招租费用）和合理间接损失（如因乙方违约导致的甲方信誉损失等，但需提供证据证明）。
     
   • 甲方无合理理由拒绝转租：若合同未禁止转租，且甲方拒绝转租无合理理由（如第三人资信问题、租赁用途变更等），乙方可能主张甲方构成违约，要求赔偿因无法转租导致的损失（如剩余租期内的预期利润、搬迁费用等），但需证明甲方行为与损失之间的直接因果关系。

3. 实际损失的举证责任
   无论合同是否有约定，主张损失的一方均需承担举证责任：

   • 甲方需证明因乙方违约或未获同意转租导致的实际损失（如租金损失、中介费、诉讼费等）；
     
   • 乙方若主张甲方拒绝转租无理，需提供证据证明第三人符合租赁条件（如资信证明、租赁用途合法性等），且甲方拒绝行为缺乏合理性。

建议行动：

1. 立即审查租赁合同，明确转租条款及违约责任约定；
   
2. 收集与损失相关的证据（如合同、付款记录、沟通记录、第三方报价等）；
   
3. 若协商无果，可依据《民法典》向法院起诉，主张按实际损失赔偿或要求继续履行合同（如甲方无理拒绝转租时）；
   
4. 若涉及复杂情况（如连锁门店、长期租赁等），建议委托律师介入，通过法律程序最大化维护权益。
   

如有进一步细节（如合同具体条款、损失明细等），可随时向我咨询，我会结合具体情况为您详细分析。