判决确定的在建工程优先受偿权，在一般情况下是可以对抗抵押权的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
《民法典》第八百零七条：该条款明确规定了承包人对于建设工程的价款享有优先受偿权。即发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除根据建设工程的性质不宜折价、拍卖外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第三十六条：该条款进一步明确了承包人根据民法典第八百零七条规定享有的建设工程价款优先受偿权优于抵押权和其他债权。
二、抵押权与工程款优先权的冲突解决
一般情况：
- 在建设工程中，若发包人未按时支付工程款，承包人有权就工程折价或拍卖的价款优先受偿。这一权利是法定的，且优先于抵押权和其他债权。因此，在判决确定的情况下，承包人的在建工程优先受偿权是可以对抗抵押权的。
特殊情况：
- 消费者购房款返还请求权：虽然承包人的工程款优先受偿权在一般情况下优先于抵押权，但在某些特殊情况下，如消费者交付购买商品房的全部或者大部分款项后，承包人就该商品房享有的工程价款优先受偿权不得对抗买受人。这意味着，在购房者已支付大部分或全部房款的情况下，其购房款返还请求权优先于承包人的工程款优先受偿权，进而也优先于抵押权。不过，这种情况并不改变承包人对于其他部分工程的优先受偿权。
- 其他特殊情形：在某些涉及公共利益或国家重点项目等特殊情况下，可能需要对抵押权与工程款优先权的顺位进行特别调整。但这需要依据具体法律法规和政策规定来确定，且并不常见。
三、实际应用与建议
- 对于承包人：在签订建设工程施工合同时，应明确约定工程款的支付方式和期限，并在合同中明确约定承包人对于建设工程的价款享有优先受偿权。在发包人未按时支付工程款时，应及时催告并考虑通过法律途径维护自己的权益。
- 对于抵押权人：在设定抵押权时，应充分了解在建工程的权属情况和承包人的优先受偿权情况，以评估抵押权的风险。在必要时，可以要求发包人提供其他担保措施以降低风险。
- 对于购房者：在购买商品房时，应了解开发商的财务状况和工程进度情况，以评估购房款的安全性和优先受偿的可能性。在可能的情况下，可以要求开发商提供相关的担保措施或购买相关的保险产品以保障自己的权益。
综上所述，判决确定的在建工程优先受偿权在一般情况下是可以对抗抵押权的。但在特殊情况下，如涉及消费者购房款返还请求权或其他特殊情形时，可能需要对抵押权与工程款优先权的顺位进行特别调整。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。