关于“收违章保证金的合作协议是否有效”的问题，结论需分情况讨论，具体分析如下：

1. 协议内容合法性是核心前提

根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括：

• 行为人具有相应民事行为能力（如双方均为合法注册的主体）；
• 意思表示真实（无欺诈、胁迫等情形）；
• 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

若协议中约定的“违章保证金”条款符合上述条件，且未违反其他禁止性规定（如未设定过高违约金、未限制对方合法权利等），则协议本身有效。但需注意：若保证金条款涉及变相罚款、没收等违法内容（如约定“违章即没收全部保证金”），可能因违反《行政处罚法》中关于罚款权限的规定而被认定无效。

2. 保证金性质决定条款效力

• 若保证金为“履约保证金”：
  双方可约定一方违反合作协议（如交通违规导致合作受损）时，保证金作为赔偿预付款。此时需满足：

  • 保证金金额合理（通常不超过合同总金额的20%）；
  • 违约后需按实际损失抵扣，而非直接没收。

• 若保证金为“行政罚款替代”：
  若协议试图通过保证金条款替代交通管理部门的行政处罚（如约定“违章后由合作方罚款”），则因越权设定行政处罚而无效。根据《行政处罚法》第17条，只有行政机关有权设定罚款，民事主体无此权限。

3. 实务中的常见风险点

• 条款表述模糊：
  若协议未明确保证金用途（如仅写“违章保证金”但未说明触发条件、退还规则），可能因“约定不明”被法院调整或认定无效。

• 单方强制条款：
  若协议规定“无论违章是否造成损失，保证金均不退还”，可能因显失公平被撤销。根据《民法典》第497条，提供格式条款一方不合理免除自身责任、加重对方责任的条款无效。

4. 建议操作

• 审查协议条款：
  确保保证金条款明确约定触发条件（如具体违章类型）、抵扣方式（按实际损失计算）及退还规则（如无违章时全额退还）。

• 避免行政权力替代：
  合作协议中不得设定“罚款”“没收”等行政处罚性质的内容，可改为“违约赔偿”并约定合理计算方式。

• 保留证据：
  若发生纠纷，需提供协议原件、违章记录、损失证明等材料，以支持保证金抵扣的合法性。

总结：收违章保证金的合作协议是否有效，需结合条款内容、保证金性质及是否违反法律强制性规定综合判断。若您有具体协议文本或纠纷场景，可直接向我咨询，我会进一步分析条款合法性及风险点。