结论前置：在货物买卖合同纠纷中，运费有争议时，司机不可以擅自压货。针对这种情况，可以从法律角度和实际操作角度给出以下分析和建议。
法律角度分析：
合同约定优先：
- 首先，应查看货物买卖合同中是否有关于运费支付、货物交付及争议解决方式的明确约定。如果合同中有明确规定，则双方应严格按照合同约定执行。
- 若合同中约定了运费支付方式和时间，以及货物交付的条件和程序，那么司机在运费有争议时擅自压货，可能构成违约行为，需要承担相应的法律责任。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，货物买卖合同双方应遵循诚实信用原则，履行各自的义务。司机作为运输方，有义务按照约定将货物安全、及时地交付给收货人。
- 若司机因运费争议而擅自压货，可能侵犯了收货人的合法权益，收货人有权要求司机承担违约责任或侵权责任，包括赔偿损失等。
争议解决方式：
- 当运费发生争议时，双方应首先通过友好协商解决。如果协商不成，可以依据合同中的争议解决条款，选择仲裁或诉讼等方式解决争议。
- 在争议解决期间，司机应继续履行合同义务，不得擅自压货或采取其他影响货物交付的行为。
实际操作角度建议：
及时沟通：
- 当运费出现争议时，司机应立即与发货人或收货人进行沟通，说明情况并寻求解决方案。通过沟通，双方可以更好地理解对方的立场和需求，从而找到合理的解决方案。
保留证据：
- 司机在运输过程中应妥善保留与运费相关的证据，如运输合同、运费发票、签收单等。这些证据在争议解决过程中将起到关键作用，有助于证明司机的权益和主张。
寻求法律援助：
- 如果争议无法通过协商解决，司机可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助司机维护自己的合法权益。
避免擅自压货：
- 无论运费争议如何激烈，司机都应避免擅自压货或采取其他极端行为。这些行为不仅可能构成违约或侵权，还可能对司机的声誉和职业生涯造成负面影响。
特殊情况说明：
- 如果合同中确实存在模糊或不明确的地方，导致运费争议无法通过协商解决，且双方均无法提供充分证据支持自己的主张，那么可能需要依据相关法律法规和行业惯例进行裁决。在这种情况下，司机更应保持冷静和理性，避免采取过激行为。
总结与建议：
在货物买卖合同纠纷中，运费有争议时司机不可以擅自压货。双方应首先通过友好协商解决争议，如果协商不成可以依据合同中的争议解决条款选择仲裁或诉讼等方式解决。同时，司机应保留好与运费相关的证据，并在必要时寻求法律援助或咨询专业律师。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。