企业6月未按时发放工资，但在后续月份补发后，员工可按以下步骤处理，以保障自身合法权益：

1. 确认补发事实与金额准确性
   首先需核实企业是否已足额补发6月工资（包括基本工资、绩效、加班费等应发项），并保留工资条、银行流水等证据。若发现补发金额不足，可要求企业出具工资明细说明，明确差额原因。

2. 与企业协商沟通
   若补发后无争议，建议通过书面形式（如邮件、微信）与企业确认“6月工资已补发完毕，双方无争议”，避免后续纠纷。若企业存在习惯性拖欠工资，可进一步沟通要求签订书面承诺，明确后续工资发放时间及违约责任。

3. 主张拖欠工资的补偿（若适用）
   根据《劳动合同法》第38条，企业未及时足额支付劳动报酬的，员工可解除劳动合同并主张经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。但需注意：若企业在补发前未被劳动行政部门责令限期支付，或员工未以“拖欠工资”为由提出解除合同，则可能无法直接主张补偿。建议结合具体情况评估风险。

4. 向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁
   若企业拒绝补发、补发不足或存在其他违法行为（如未缴纳社保），可向当地劳动监察大队投诉（时效2年内），或直接申请劳动仲裁（时效1年内）。仲裁时可要求企业支付拖欠工资、加付50%-100%赔偿金（需以劳动行政部门责令限期支付为前提）。

5. 特殊情形处理

   • 企业因经营困难延期发薪：若企业已向员工说明情况并征得工会或职工代表同意，可暂时延期支付，但延期时间需符合地方规定（如不超过1个月）。
     
   • 员工已离职：若离职时企业未结清工资，补发后仍可要求企业出具离职证明，并确认无其他未结款项（如年休假工资、奖金等）。

温馨提示：工资拖欠问题涉及时效和证据固定，建议及时行动。若对处理流程或证据收集有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供详细方案。