针对您提出的“存疑不起诉税务局怎么处理”的问题，这通常涉及到刑事不起诉后，税务机关如何对涉案主体进行行政处理的情况。以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，不起诉并不意味着涉案主体无需承担任何责任。在刑事案件中，如果检察机关作出不起诉决定，这通常是因为犯罪情节轻微、证据不足或存在其他法定不起诉情形。然而，这并不影响税务机关根据相关法律法规对涉案主体的行政违法行为进行查处。
税务机关的处理流程
接收检察意见：
- 在刑事不起诉决定作出后，检察机关可能会根据《人民检察院行刑反向衔接工作指引》等要求，将线索移送行政检察部门审查。
- 行政检察部门在审阅刑事卷宗后，会明确涉案主体的行为是否构成行政违法，并向税务机关制发检察意见书，详细列明违法事实、法律依据及处罚建议。
税务机关调查与核实：
- 税务机关在收到检察意见后，会主动与检察机关沟通，并调取相关证据进行核查。
- 如果核查过程中遇到专业难题，如跨年度发票关联性核查、违法所得核算标准等，税务机关可能会寻求检察机关的协助，共同梳理核查思路。
作出行政处罚决定：
- 在完成核查工作后，税务机关会根据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，依法对涉案主体作出行政处罚决定。
- 行政处罚决定可能包括罚款、没收违法所得、责令限期改正等措施。
执行与监督：
- 税务机关会确保行政处罚决定得到有效执行，如通过书面通知涉案主体的开户银行或其他金融机构从其存款中扣缴罚款，或扣押、查封、依法拍卖或变卖其价值相当于罚款的商品、货物或其他财产。
- 同时，税务机关还会建立定期通报机制，与检察机关保持沟通，确保行政处罚的落实情况得到及时反馈和监督。
注意事项
- 税务机关必须依法行事：在处理存疑不起诉案件时，税务机关必须严格依照法定权限和法定程序进行，确保行政处罚的合法性和公正性。
- 保障涉案主体的合法权益：税务机关在采取行政强制措施时，不得查封、扣押纳税人个人及其所扶养家属维持生活必需的住房和用品，以保障其基本生活需求。
- 加强与检察机关的协作配合：税务机关应与检察机关建立紧密的协作机制，共同打击税收违法行为，维护税收征管秩序。
实例说明
以某置业有限公司虚开发票案为例，该公司在涉嫌虚开发票罪被公安机关移送检察机关审查起诉后，因犯罪情节轻微且自愿认罪认罚，检察机关依法作出了不起诉决定。然而，这并不意味着该公司无需承担行政责任。检察机关随后将线索移送行政检察部门审查，并明确指出该公司的行为已构成行政违法。税务机关在收到检察意见后，经过核查和调查，依法对该公司作出了行政处罚决定。
综上所述，存疑不起诉并不意味着涉案主体可以逃避行政责任。税务机关会根据相关法律法规和检察意见，依法对涉案主体进行行政处理，确保税收征管秩序得到有效维护。