结论：针对您“借钱写了协议还了没把协议还给对方过后又来找”的情况，您无需过于担心，但需要采取一些措施来保护自己的权益。以下是从不同角度为您详细分析的情况及建议：
一、法律角度分析
还款事实的证明：
- 您已经还款，但协议仍在对方手中，这确实可能给您带来一些麻烦。不过，关键在于您能否证明已经还款的事实。
- 您可以收集所有能证明还款的证据，如银行转账记录、收条、聊天记录、证人证言等。这些证据将有助于证明您已经履行了还款义务。
协议的法律效力：
- 借款协议是双方之间的法律文件，但它并不是证明还款的唯一证据。即使协议在对方手中，只要您能证明已经还款，协议就不能再作为对方要求您再次还款的依据。
- 如果对方试图以协议为依据再次要求您还款，您可以明确拒绝，并告知对方您已经还款，且有相关证据支持。
可能的法律后果：
- 如果对方坚持认为您未还款，并试图通过法律途径解决，您需要积极应对，提供上述证据来证明自己的清白。
- 在法律程序中，证据的充分性和真实性是关键。只要您能提供足够的证据证明已经还款，对方的主张就不会得到支持。
二、实际操作建议
与对方沟通：
- 首先，您可以尝试与对方沟通，解释您已经还款的情况，并要求对方归还协议或出具还款确认书。
- 沟通时，保持冷静和理性，避免情绪化的交流，以免加剧矛盾。
保留证据：
- 确保您保留所有与还款相关的证据，如银行转账记录、收条等。这些证据在将来可能需要的法律程序中至关重要。
- 如果可能的话，您可以对证据进行备份，以防原件丢失或损坏。
寻求法律帮助：
- 如果对方持续纠缠或威胁您，您可以考虑寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为您提供法律咨询和代理服务，帮助您维护自己的权益。
- 在寻求法律帮助时，提供所有相关证据和情况说明，以便律师能够更准确地评估您的案件并提供有效的法律建议。
三、预防措施
未来借款时：
- 在未来的借款交易中，建议您在还款时要求对方出具还款确认书或收回借款协议原件，以避免类似情况再次发生。
- 同时，保留好所有与借款和还款相关的证据，以备不时之需。
增强法律意识：
- 了解并遵守相关法律法规，增强自己的法律意识。在借款和还款过程中，确保自己的行为符合法律要求，以减少潜在的法律风险。
总结与进一步行动建议：
- 您已经还款但协议仍在对方手中的情况并不罕见，关键在于您能否证明还款事实。
- 收集并保留所有相关证据，与对方沟通并尝试解决问题。
- 如果对方持续纠缠或威胁您，请及时寻求法律帮助。
- 在未来借款时采取预防措施，增强法律意识，以减少潜在的法律风险。
如果您有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。