当您已经还清借款但借条未能收回时，确实可能会带来一些潜在的风险和不必要的麻烦。不过，您不必过于担心，以下是一些合法且有效的处理方式，旨在帮助您妥善解决这一问题，并确保您的合法权益得到保护。

一、优先尝试沟通协商

首先，我建议您与出借人进行友好且诚恳的沟通。明确告知对方您已经按照约定还清了所有借款，并请求其归还借条。为了确保沟通的有效性以及后续可能的纠纷预防，我建议您采用可以留存记录的方式，比如电话录音、微信聊天记录或者短信等。在沟通过程中，详细提及还款的具体时间、金额等关键信息，并明确表达您希望尽快取回借条的意愿。

二、要求出具收条或还款证明

如果出借人因为某些原因无法立即归还借条，您可以要求其出具一份收条或者还款证明。这份证明应该包含借款人姓名、出借人姓名、借款金额、借款时间、还款时间、还款方式等详细信息，并且特别注明“此借款已全部还清，原借条作废”的字样。最后，由出借人亲自签字并标注日期，以确保其法律效力。

三、务必保留还款证据

无论您是通过转账还是现金方式还款，都请务必妥善保存相关证据。对于转账还款，您可以保存银行转账记录、支付宝或微信的转账截图等；对于现金还款，我建议您有第三方见证人在场，并让见证人出具证言。同时，您也可以考虑在还款时进行录音录像，以全面记录还款过程和双方对话内容，作为后续可能需要的证据。

四、考虑公证提存（特殊情况）

在极少数情况下，如果出借人既不归还借条也不出具还款证明，并且态度恶劣，您可以考虑采用公证提存的方式。即，将应偿还的款项（尽管实际上已经偿还）交给公证机关保存，以此视为已履行还款责任。但请注意，这种方式程序相对复杂，且会产生一定费用，因此在使用前请谨慎考虑。

五、持续留存沟通证据

在与出借人的后续接触中，无论对方态度如何变化，都请保持冷静并继续留存相关沟通证据。这些证据在出借人未来可能提出的无理要求或诉讼中，将成为您证明自己已还款事实的重要依据。

六、法律途径作为最后保障

虽然友好协商是首选方式，但如果出借人坚持不认账或提出不合理要求，您也有权通过法律途径来维护自己的合法权益。在此之前，请确保已收集好所有相关证据，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。

综上所述，面对钱已还完但借条未收回的情况，您应通过沟通协商、要求出具收条或还款证明、保留还款证据、特殊情况下的公证提存以及持续留存沟通证据等方式来妥善处理。同时，保持冷静和理性态度，必要时寻求法律途径的帮助，以确保您的合法权益得到充分保护。希望这些建议能对您有所帮助。