事业单位工作人员在纪检部门调查期间，一般情况下是不能申请退休的。以下是对此问题的详细分析：
一、总体原则与规定
在纪检部门调查期间，为了确保调查的顺利进行和公正性，防止被调查人通过退休逃避法律责任，并维护公职人员队伍的纪律性和纯洁性，一般情况下是不允许办理退休手续的。这一原则同样适用于事业单位工作人员，尽管他们可能不属于公务员序列，但在涉及违纪违法调查时，同样需要遵循类似的纪律要求。
二、具体规定与分析
事业单位工作人员的特殊性：
- 事业单位工作人员虽然不属于公务员，但他们在工作中同样需要遵守公职人员的纪律和规定。在纪检部门调查期间，他们的行为同样会受到严格监督。
- 如果事业单位工作人员涉嫌违纪违法，且正在接受纪检部门的调查，那么在此期间申请退休可能会被视为逃避调查或责任的行为，因此通常是不被允许的。
退休手续办理的限制：
- 退休手续的办理通常需要经过一系列审核和批准程序。在纪检部门调查期间，由于被调查人的身份和案件性质的不确定性，相关部门可能会暂停或推迟退休手续的办理，以确保调查的顺利进行。
- 如果退休手续的办理可能会干扰案件的调查或取证，或者导致后续处理和责任追究上的困难，那么相关部门有权拒绝或推迟办理退休手续。
三、实际操作中的考虑因素
调查的全面性和深入性：
- 纪检部门调查的目的是全面、准确地查明事实，认定相关人员是否存在违纪违法问题。因此，在任何情况下，都应优先考虑调查的全面性和深入性，避免因退休导致调查受阻。
后续处理和责任追究的便利性：
- 如果在纪检部门调查期间办理了退休手续，后续一旦查明其存在违纪违法问题，在处理和责任追究上会面临诸多困难。因此，应谨慎对待退休手续的办理，确保在查明事实后再做决定。
组织人事管理的角度：
- 组织人事部门在办理退休手续时，会对人员的情况进行全面审核。对于处于纪检部门调查状态的人员，应与纪检部门进行沟通协调，确保在未明确结论前不擅自为其办理退休手续。
四、法律建议
积极配合调查：
- 如果事业单位工作人员正在接受纪检部门的调查，应积极配合调查工作，如实提供相关信息和证据，以便尽快查明事实真相。
遵守相关规定：
- 在调查期间，应严格遵守相关规定和纪律要求，不得擅自申请退休或采取其他可能干扰调查的行为。
咨询专业意见：
- 如果对退休手续的办理或调查过程中的相关问题存在疑问或困惑，可以及时咨询专业律师或相关部门，以获取更准确的法律意见和指导。
总结来说，事业单位工作人员在纪检部门调查期间，一般情况下是不能申请退休的。这是为了确保调查的顺利进行和公正性，防止被调查人通过退休逃避法律责任。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。