结论：银行本身不会直接对农民工一次性打入的5万三个月工资进行征税，但该笔收入是否需要缴纳个人所得税，取决于具体的收入性质和金额是否达到纳税标准。

详细分析：

1. 银行的角色与税收：

   • 银行作为金融机构，主要负责资金的存储、转账和支付等业务，并不直接参与税收的征收工作。
   • 税收的征收是由国家税务机关负责的，银行只是根据税务机关的要求，协助提供相关的交易信息或进行税款的代扣代缴（在特定情况下，如工资发放时，银行可能根据企业的委托代扣个人所得税）。

2. 个人所得税的征收：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人所得税是对个人所得（包括工资、薪金所得等）征收的一种税。
   • 对于农民工一次性打入的5万三个月工资，如果这5万是三个月的工资总额，且每月工资均未超过个人所得税的起征点（目前为每月5000元，但具体可能因地区和政策调整而有所不同），则可能不需要缴纳个人所得税。
   • 如果这5万是三个月工资的总额，且其中某个月或某几个月的工资超过了起征点，或者虽然未超过起征点但全年累计收入超过了纳税标准，那么就需要按照税法规定缴纳个人所得税。

3. 税收的计算与缴纳：

   • 如果需要缴纳个人所得税，具体的税额计算会根据工资收入、专项扣除（如社保、公积金等）、专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗等）以及依法确定的其他扣除等因素来确定。
   • 税额的计算公式一般为：应纳税额 = （工资收入 - 起征点 - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 其他扣除）× 适用税率 - 速算扣除数。
   • 农民工应确保自己的工资收入被正确申报和缴纳税款，以避免税务风险。

4. 特殊情况与建议：

   • 如果农民工对税收政策不了解或存在疑问，建议咨询当地税务机关或专业税务人员，以获取准确的税收信息和指导。
   • 同时，农民工也应保留好相关的工资收入证明和税务缴纳凭证，以备不时之需。

总结与建议： 银行本身不会直接对农民工的工资进行征税，但农民工需要关注自己的工资收入是否达到纳税标准，并按照规定缴纳个人所得税。如果有任何疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和指导。