医疗机构不配合调查，确实可以对其进行行政处罚。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律依据
根据《医疗事故处理条例》第三十六条：“卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告后，除责令医疗机构及时采取必要的医疗救治措施，防止损害后果扩大外，应当组织调查，判定是否属于医疗事故；对不能判定是否属于医疗事故的，应当依照本条例的有关规定交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。医疗机构无正当理由未依照本条例的规定如实提供相关材料，不配合调查的，由卫生行政部门责令改正，给予警告；对负有责任的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分或者纪律处分；情节严重的，由原发证部门吊销其执业证书或者资格证书。”
二、行政处罚的具体情形
警告：对于医疗机构不配合调查的行为，卫生行政部门可以首先给予警告，要求其立即改正，并配合调查工作。
行政处分或纪律处分：如果医疗机构在警告后仍未改正，卫生行政部门可以对负有责任的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分或者纪律处分。这包括但不限于警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。
吊销执业证书或资格证书：在情节严重的情况下，如医疗机构多次不配合调查，或者其不配合行为导致调查工作无法进行，严重影响了医疗事故的处理和患者的权益保护，卫生行政部门可以报请原发证部门吊销其执业证书或者资格证书。
三、实际案例与操作
在实际操作中，卫生行政部门在接到关于医疗机构不配合调查的报告后，会进行详细的调查取证工作。如果确认医疗机构存在不配合调查的行为，且情节严重，卫生行政部门会依法作出行政处罚决定，并送达医疗机构。医疗机构在收到处罚决定后，应当立即改正，并配合调查工作。如果医疗机构对处罚决定不服，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
四、建议与注意事项
医疗机构应积极配合调查：医疗机构作为医疗事故的责任方之一，应当积极配合卫生行政部门的调查工作，如实提供相关材料，以便尽快查明事故原因，保护患者的合法权益。
卫生行政部门应依法行使职权：卫生行政部门在调查医疗事故时，应当依法行使职权，确保调查工作的公正、公平和公开。对于医疗机构不配合调查的行为，应当依法进行处罚，以维护医疗秩序和患者的权益。
患者及其家属应了解自身权益：患者及其家属在医疗事故发生后，应当了解自身的权益和维权途径。如果医疗机构不配合调查，患者及其家属可以向卫生行政部门投诉或举报，要求卫生行政部门依法进行处理。
综上所述，医疗机构不配合调查是可以对其进行行政处罚的。医疗机构应当积极配合调查工作，卫生行政部门应当依法行使职权，患者及其家属应当了解自身权益并积极维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。