医疗机构若不配合调查，将面临行政处罚，情节严重的还可能涉及刑事责任。具体来说，根据不同情况，处罚措施如下：

1. 行政处罚：

   • 警告与罚款：依据《医疗纠纷预防和处理条例》第四十七条，医疗机构若拒绝提供与纠纷有关的病历资料，或阻碍卫生主管部门调查，将被责令改正，给予警告。若逾期不改正，将面临5万元以上10万元以下的罚款。对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员，也将给予警告，并可能处以1万元以上5万元以下的罚款。
   • 责令停业整顿：在情节严重的情况下，除了上述罚款外，卫生主管部门还可以责令医疗机构停业整顿，直至吊销其执业许可证，以示惩戒。

2. 刑事责任：

   • 妨害公务罪：如果医疗机构或其工作人员在调查过程中，以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务，将构成妨害公务罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十七条，此类行为可处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。
   • 其他相关犯罪：若医疗机构的不配合行为还涉及其他犯罪，如故意销毁、隐匿病历资料等，将根据具体犯罪情节，依法追究相应的刑事责任。

建议与提醒：

• 医疗机构应积极配合卫生主管部门的调查工作，如实提供相关资料和信息，以维护医疗秩序和患者权益。
• 若医疗机构对处罚决定有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自身合法权益。
• 在日常运营中，医疗机构应建立健全内部管理制度，加强员工法律意识培训，避免因不配合调查等违法行为而遭受处罚。

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