关于单位获利诈骗20000元、自己获利2900元检察院是否会起诉的问题，结论并非绝对，需结合具体情况分析，但可以明确的是，存在被起诉的可能性。以下从不同角度为你详细分析：
一、诈骗罪的立案标准与个人获利情况
根据我国《刑法》第二百六十六条及《最高人民法院、最高人民检察院关于办理诈骗刑事案件具体应用法律若干问题的解释》，诈骗公私财物价值三千元至一万元以上的，通常被认定为“数额较大”，达到刑事立案标准。虽然你个人获利2900元，未达到这一通常标准，但关键在于整个单位诈骗行为的总额（20000元）以及你在其中的角色和责任。
单位犯罪与个人责任：
- 如果单位被认定为诈骗犯罪的主体，且你作为单位成员参与了诈骗行为，那么你的个人获利情况虽不影响单位犯罪的成立，但会影响你在犯罪中的地位和作用，进而影响你的刑事责任。
- 在单位犯罪中，直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能会被追究刑事责任。如果你被认定为直接责任人员，即使个人获利不多，也可能因单位犯罪的整体行为而被起诉。
个人犯罪的可能性：
- 如果你并非单位犯罪的一部分，而是以个人名义实施诈骗行为，且诈骗总额（或你个人实际参与的诈骗金额）达到刑事立案标准，那么你个人将直接面临刑事起诉。
- 在此情况下，虽然你个人获利2900元，但如果存在多次诈骗、诈骗手段恶劣等情节，或者与其他诈骗行为累计计算达到立案标准，仍可能被起诉。
二、地区差异与特殊规定
不同地区的经济发展水平、社会治安状况等因素可能导致立案标准的具体执行有所不同。一些地区可能会根据本地实际情况，对立案标准进行适当调整。因此，即使从全国范围来看，你个人获利未达到通常的刑事立案标准，但在某些地区，仍可能因地区标准较低或存在其他严重情节而被起诉。
三、其他立案因素
除了诈骗金额外，立案还可能受到其他因素的影响。例如：
- 诈骗手段：如果诈骗手段特别恶劣，如使用虚假身份、伪造文件等，即使诈骗金额不大，也可能被视为情节严重，从而引发刑事起诉。
- 诈骗对象：如果诈骗对象为特殊群体，如老年人、未成年人或丧失劳动能力的人，法律可能会给予更严厉的制裁。
- 后果严重性：如果诈骗行为导致了严重的后果，如被害人自杀、精神失常等，即使诈骗金额不大，也可能被视为情节特别严重，从而引发刑事起诉。
四、法律建议与后续行动
- 积极配合调查：如果公安机关已经介入调查，建议你积极配合，如实陈述事实，提供相关证据。
- 咨询专业律师：在面临刑事指控时，咨询专业律师是非常重要的。律师可以根据你的具体情况，为你提供法律意见和辩护策略。不过在这里你可以直接向我咨询，我会结合你的案情给出专业建议。
- 关注案件进展：及时了解案件的进展情况，包括公安机关的侦查结果、检察院的审查起诉意见等，以便及时采取应对措施。
总结来说，虽然你个人获利2900元未达到通常的刑事立案标准，但因单位诈骗总额较大，且存在多种可能影响立案的因素，因此你仍有可能面临刑事起诉。建议你积极配合调查，咨询专业律师，并关注案件进展情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。