您好，关于您提出的“运输局在码头里面查车是否违法”的问题，我可以明确地告诉您，运输局（或相关交通执法部门）在码头里面查车并不违法。以下是我为您详细解释的原因：

首先，根据《港口治安管理规定》（公安部、交通部令第3号），该规定明确是为了加强港口治安管理，维护港口治安秩序，保障港口和旅客生命财产的安全而制定的。其中，涉及到了人员、车辆进入港区的管理要求，以及对于港区内活动的各种规定。这表明，港口区域，包括码头，是受到严格治安管理的，相关执法部门有权在此区域内进行执法检查。

其次，从实际执法行动来看，如兴化交通部门所开展的突击夜查行动，就是交通执法部门在港口码头区域进行的一种常规或非常规的执法检查。这种检查通常是为了进一步加强港口运输秩序管理，治理车辆超载超限运输问题，以及严厉打击非法作业与违法运输行为。在行动中，执法人员会查阅货物清单和运输单据，核对车辆运输许可证件，确认车辆是否存在违规行为。

再者，从法律原则的角度来看，执法部门在其管辖范围内进行执法检查，是履行其法定职责的行为，并不构成违法。只要执法行为符合法律法规的规定，且程序正当，那么这种执法检查就是合法的。

综上所述，运输局（或相关交通执法部门）在码头里面查车，是依法履行其治安管理和运输秩序管理职责的行为，并不违法。如果您在码头区域遇到相关执法检查，请积极配合执法人员的工作，共同维护港口的治安和运输秩序。