结论：工程质保金分二期支付的情况下，赔偿款能否在最后一期扣除，需根据合同约定、法律规定及实际情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定优先
合同有明确约定：
- 如果合同中明确规定了质保金的支付方式、条件以及赔偿款扣除的具体条款，那么双方应严格按照合同约定执行。例如，合同可能约定“若承包方在质保期内出现质量问题需赔偿，赔偿款可从最后一期质保金中扣除”，在此情况下，赔偿款自然可以在最后一期质保金中扣除。
合同无明确约定：
- 若合同未对赔偿款扣除作出明确规定，则需依据相关法律法规及行业惯例进行判断。此时，双方应协商解决，若协商不成，可能需通过诉讼或仲裁等法律途径解决争议。
二、法律规定及行业惯例
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同双方应遵循诚实信用原则，履行各自的义务。若承包方在质保期内出现质量问题，发包方有权要求承包方进行修复或赔偿。若合同未明确约定赔偿款扣除方式，发包方在扣除赔偿款时，应确保扣除的合理性、合法性，并通知承包方。
行业惯例：
- 在建设工程领域，质保金通常用于保证承包方在质保期内对工程质量进行维修和保养。若承包方未履行维修义务或造成损失，发包方有权从质保金中扣除相应费用。然而，具体扣除方式（如分期扣除、一次性扣除等）可能因行业惯例、项目特点等因素而有所不同。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 发包方在扣除赔偿款前，应仔细审查合同条款，确保扣除行为符合合同约定。若合同无明确约定，应与承包方进行协商，达成一致意见后再行扣除。
保留证据：
- 发包方在扣除赔偿款时，应保留相关证据，如质量问题照片、维修记录、赔偿协议等，以证明扣除行为的合理性和合法性。
通知承包方：
- 发包方在扣除赔偿款前，应通知承包方，并说明扣除的原因、金额及依据。这有助于减少争议，维护双方合作关系。
寻求法律帮助：
- 若双方对赔偿款扣除问题存在争议，且无法通过协商解决，发包方或承包方均可寻求法律帮助，通过诉讼或仲裁等法律途径解决争议。
总结与启示：工程质保金分二期支付的情况下，赔偿款能否在最后一期扣除，需根据合同约定、法律规定及实际情况综合判断。双方应严格遵守合同约定，遵循诚实信用原则，妥善处理质保金及赔偿款问题。若遇争议，应及时寻求法律帮助，以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。