结论：行政机关的拆除通知一般是直接发给违法施工的乙方，但在特定情况下，也可能涉及甲方，具体取决于甲方的行为和法律责任。以下从不同角度进行分析：
一、拆除通知的直接对象
违法施工方：
- 根据行政法的一般原则，行政机关在发现违法行为时，会直接对违法行为的主体发出通知或处罚决定。在建设工程领域，如果乙方违法施工，行政机关通常会直接向乙方发出拆除通知，要求其停止违法行为并拆除违法建筑。
通知内容：
- 拆除通知通常会明确违法事实、法律依据、拆除要求、期限以及不履行拆除义务的法律后果等。乙方在收到通知后，应按照要求履行拆除义务，否则可能面临更严厉的行政处罚。
二、可能涉及甲方的情况
甲方作为违法行为的共犯或帮助者：
- 如果甲方在建设工程中与乙方共同实施违法行为，或者为乙方的违法行为提供帮助、支持，那么甲方也可能成为行政机关的处罚对象。在这种情况下，行政机关可能会同时向甲方和乙方发出拆除通知或其他处罚决定。
甲方作为土地或建筑物的所有权人：
- 如果甲方是土地或建筑物的所有权人，而乙方在其土地或建筑物上违法施工，行政机关在发出拆除通知时，可能会要求甲方协助执行或承担一定的责任。但这并不意味着拆除通知直接发给甲方作为处罚对象，而是基于甲方对土地或建筑物的所有权和管理责任。
甲方未履行审查义务：
- 如果甲方在委托乙方进行建设工程时，未对乙方的资质、施工许可等进行审查，导致乙方违法施工，甲方可能因未履行审查义务而承担一定的法律责任。然而，这种责任通常不是直接由拆除通知来体现的，而是可能通过其他行政处罚或民事赔偿等方式来追究。
三、法律建议
对于乙方：
- 如果收到行政机关的拆除通知，应立即停止违法行为，并按照要求拆除违法建筑。如果对通知内容有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
对于甲方：
- 如果担心可能因乙方的违法行为而受到牵连，应加强对乙方资质、施工许可等的审查，并确保乙方在施工过程中遵守法律法规。如果收到与乙方违法行为相关的通知或要求，应积极配合行政机关的工作，并咨询专业律师以了解自己的法律责任和应对策略。
共同应对：
- 如果甲方和乙方都认为拆除通知存在错误或不合理之处，可以共同咨询专业律师，了解法律程序和维权途径，并依法维护自己的合法权益。
在处理此类问题时，建议甲方和乙方都保持冷静和理性，积极与行政机关沟通协商，并依法维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。