结论：小超市在学校超过五十米卖香烟是否会受到惩罚，这主要取决于当地的具体法律法规以及烟草专卖的相关规定，若当地有明确规定学校周边一定范围内（如五十米内）禁止销售烟草制品，且该小超市违反了此规定，则可能会受到相应的行政处罚；若当地没有此类具体规定，或者小超市虽在学校五十米外但违反了其他烟草销售的相关规定，也可能面临处罚，但处罚的依据和性质会有所不同。

分析说明：

1. 学校周边烟草销售限制：

   • 许多地方为了保护未成年人的健康，会制定地方性法规或规章，明确规定学校周边一定范围内（如五十米、一百米等）禁止销售烟草制品。这是基于未成年人身心发育尚未成熟，对烟草制品的危害认识不足，且容易受到周围环境的影响而尝试吸烟的考虑。
   • 如果小超市所在的地方有此类规定，且小超市位于学校五十米内（但用户问题中明确提到“超过五十米”，此处主要是为了说明一般规定，实际判断需依据具体距离和当地规定），或者虽然超过五十米但违反了其他与学校周边烟草销售相关的特殊规定（如特定时间段内禁止销售等，尽管这种情况较少见且通常与距离直接关联不大，但为全面分析仍需提及），则可能会受到处罚。不过，就用户问题直接描述而言，若确实超过五十米且无其他特殊规定违反，则此点不直接导致处罚。但重要的是要理解，“超过五十米”并不自动免除所有可能的处罚，还需看其他规定。
   • 实际判断关键：在于当地是否有“学校周边一定范围内禁止销售烟草制品”的具体规定，以及小超市是否确实违反了此规定（包括距离和可能的其他条件）。

2. 烟草专卖相关规定：

   • 除了学校周边的特殊限制外，烟草销售还受到烟草专卖法的普遍约束。这包括但不限于：必须持有烟草专卖零售许可证、不得向未成年人销售烟草制品、不得销售非法生产的烟草制品等。
   • 如果小超市虽然位于学校五十米外，但违反了上述烟草专卖的相关规定（如无证销售、向未成年人销售等），则同样会受到处罚。这种处罚是基于烟草专卖法的普遍规定，而非特定于学校周边的限制。

法律后果与建议：

• 行政处罚：如果小超市违反了上述任何一项规定，都可能面临烟草专卖行政主管部门的行政处罚，包括但不限于罚款、没收违法所得、吊销烟草专卖零售许可证等。
• 合规建议：对于小超市而言，为了避免不必要的法律风险和处罚，应当严格遵守当地的烟草专卖法律法规和学校周边烟草销售的相关规定。在经营前，应咨询当地烟草专卖行政主管部门或相关法律专业人士，了解具体的法律要求和合规标准。

进一步行动：

• 如果您是小超市的经营者，且对当地的烟草销售规定存在疑问或不确定自己的经营行为是否合规，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况和当地法律法规，为您提供专业的法律意见和合规建议。