结论：在发现用公司营业执照办理健康证不合适后，拒绝老板需要谨慎处理，既要考虑合法合规性，也要兼顾职场人际关系。以下是从不同角度给出的分析和建议。

一、从合法合规性角度分析

1. 健康证办理的合法性：

   • 健康证通常用于证明个人健康状况，以满足特定行业（如食品、餐饮等）的从业要求。若公司营业执照被用于非公司业务相关的健康证办理，这可能涉及信息滥用或违规操作。
   • 你需要确认办理健康证的具体用途和背景，如果这与公司业务无关，或者存在违规操作的风险，你有权拒绝参与。

2. 拒绝的合法方式：

   • 你可以以合法合规为由，向老板说明情况，指出用公司营业执照办理健康证可能存在的法律风险，如信息泄露、违规操作等。
   • 强调你作为公司员工，有义务维护公司的合法权益和声誉，不愿意参与任何可能损害公司利益的行为。

二、从职场人际关系角度分析

1. 沟通方式：

   • 在拒绝老板时，要注意沟通方式，尽量保持平和、理性的态度，避免情绪化或冲突性的言辞。
   • 可以提出替代方案或建议，如建议公司通过正规渠道为员工办理健康证，或者由员工自行办理并提交给公司备案。

2. 职场影响：

   • 拒绝老板可能会对你的职场关系产生一定影响，但长远来看，坚持原则、维护合法合规是更重要的。
   • 你可以通过积极的工作表现、良好的职业素养来弥补可能产生的短暂负面影响，赢得老板和同事的尊重和信任。

三、具体建议

1. 了解情况：

   • 首先，与老板或相关负责人沟通，了解办理健康证的具体原因、用途和背景。

2. 评估风险：

   • 根据了解的情况，评估用公司营业执照办理健康证可能存在的法律风险和合规问题。

3. 提出拒绝：

   • 如果评估结果显示存在风险或不合规情况，你可以以书面或口头形式向老板提出拒绝，并说明理由。
   • 示例话术：“老板，我了解到用公司营业执照办理健康证可能存在一些法律风险和合规问题。作为公司的一员，我有义务维护公司的合法权益和声誉。因此，我希望能通过更正规、合规的方式来处理这件事，比如由员工自行办理并提交给公司备案。您看这样是否可行？”

4. 寻求支持：

   • 如果老板坚持要求你办理，且你认为这确实存在风险或不合规情况，你可以考虑向公司法务部门或上级领导寻求支持。

四、可能后果及应对

1. 老板理解并接受：

   • 如果老板理解你的立场并接受你的建议，那么问题将得到妥善解决。

2. 老板坚持要求：

   • 如果老板坚持要求你办理，且你认为这确实存在风险或不合规情况，你可以考虑保留相关证据（如邮件、聊天记录等），并在必要时向相关部门或机构举报。
   • 同时，你也可以考虑咨询专业律师（即我，杨杰律师，专注于合同纠纷、公司事务领域），以获取更具体的法律建议和支持。

总之，在发现用公司营业执照办理健康证不合适后，拒绝老板需要谨慎处理。既要考虑合法合规性，也要兼顾职场人际关系。如果你有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。