结论：法院认定重复起诉却进行实体审理并驳回，这一行为是否构成程序违法，需结合具体情况判断，一般情况下可能构成程序违法，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：
一、程序违法的一般情形
重复起诉的认定与处理原则：
- 根据《民事诉讼法》及相关司法解释，重复起诉通常指当事人基于同一事实和理由，就同一诉讼请求再次向法院提起诉讼。法院在受理案件时，应首先审查是否存在重复起诉的情形。
- 若法院认定构成重复起诉，原则上应裁定不予受理或驳回起诉，而非进行实体审理。这是因为重复起诉违反了“一事不再理”原则，即同一案件不应被重复审理和判决。
程序违法的表现：
- 如果法院在认定重复起诉后，仍然进行了实体审理并作出驳回判决，这通常意味着法院违反了法定程序。因为实体审理应在确认案件不属于重复起诉的前提下进行，否则将浪费司法资源，损害当事人的合法权益。
二、例外情形与程序合法的判断
特殊情况下的实体审理：
- 尽管重复起诉原则上应裁定不予受理或驳回起诉，但在某些特殊情况下，法院可能认为有必要进行实体审理。例如，当事人可能提出了新的事实或证据，或者原判决存在明显错误等。
- 在这些情况下，法院进行实体审理并驳回判决，可能并不构成程序违法。但法院应在判决中充分说明进行实体审理的理由和依据，以确保程序的公正性和透明度。
程序合法的判断标准：
- 判断法院的行为是否构成程序违法，应综合考虑多个因素，包括法院是否遵循了法定程序、是否充分保障了当事人的诉讼权利、是否进行了合理的解释和说明等。
- 如果法院在认定重复起诉后，未遵循法定程序进行实体审理，且未给出合理解释和说明，那么其行为很可能构成程序违法。
三、法律后果与救济途径
法律后果：
- 如果法院的行为构成程序违法，那么其作出的驳回判决可能面临被撤销或改判的风险。因为程序违法可能影响判决的公正性和合法性。
救济途径：
- 当事人如果认为法院的行为构成程序违法，可以通过上诉或申请再审等途径寻求救济。在上诉或申请再审时，当事人应提供充分的证据证明法院的行为违反了法定程序，并请求上级法院或再审法院撤销原判决并重新审理。
建议：如果您遇到类似情况，建议首先仔细审查法院的判决文书，了解法院认定重复起诉的理由和进行实体审理的依据。如果您认为法院的行为构成程序违法，可以及时向上级法院或再审法院提出上诉或申请再审，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。