结论：员工合同半年一签且每次签订都扣薪的做法，一般是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、合同期限与扣薪的合法性分析
合同期限的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的期限可以由用人单位与劳动者协商确定，可以是固定期限、无固定期限或以完成一定工作任务为期限。半年一签的合同期限本身并不违法，只要双方协商一致并签订书面劳动合同即可。
扣薪的合法性：
- 扣薪行为是否合法，关键在于扣薪的原因和依据。如果用人单位以签订劳动合同为由扣减员工工资，且没有合理的理由和法律依据，那么这种行为就是违法的。
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。任何克扣或者无故拖欠劳动者工资的行为都是违法的。
二、可能存在的违法情形及后果
违法扣薪：
- 如果用人单位以签订劳动合同为条件扣减员工工资，且没有明确的规章制度或劳动合同约定作为依据，那么这种行为构成违法扣薪。
- 违法扣薪的后果包括：劳动者有权要求用人单位支付被扣减的工资，并可能要求用人单位支付赔偿金；同时，用人单位还可能面临劳动行政部门的处罚。
合同条款违法：
- 如果劳动合同中明确约定了每次签订都扣减工资的条款，且该条款违反了法律法规的强制性规定，那么该条款是无效的。
- 无效的合同条款自始没有法律约束力，用人单位不能依据该条款扣减员工工资。
三、法律建议
对于劳动者：
- 如果遇到用人单位以签订劳动合同为由扣减工资的情况，劳动者应当首先与用人单位进行协商，要求用人单位支付被扣减的工资。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 用人单位应当遵守法律法规的规定，不得以签订劳动合同为由扣减员工工资。
- 如果用人单位需要调整员工的工资待遇，应当与员工协商一致并签订书面协议，确保调整行为的合法性和合理性。
举例说明：假设某员工与用人单位签订了半年期的劳动合同，合同中约定每次续签都扣减10%的工资作为“合同续签费”。这种约定显然违反了法律法规的强制性规定，因为用人单位无权以签订劳动合同为由扣减员工工资。如果员工发现这种情况，有权要求用人单位支付被扣减的工资，并可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。
进一步思考：在实际操作中，用人单位可能会以各种名义扣减员工工资，如“培训费”、“押金”等。这些行为同样可能构成违法扣薪。因此，劳动者在签订劳动合同时应当仔细阅读合同条款，确保自己的合法权益不受侵害。同时，用人单位也应当加强法律意识，遵守法律法规的规定，避免因为违法扣薪而引发劳动争议和法律风险。
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