结论：不补缴案件受理费而撤诉的情况下，已缴纳的部分案件受理费是否退还，主要取决于撤诉的时机以及案件类型。
一、一般情况下的退还规则
民事案件与行政案件：
- 在民事案件和行政案件中，如果当事人在法院立案受理后申请撤诉，根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，案件受理费将减半交纳。这意味着，原本应缴纳的全额费用中，法院会退还一半给当事人。
- 举例：如果案件受理费原本是1000元，撤诉后当事人可以拿回500元。
立案前的调解与撤诉：
- 若在法院正式立案前，当事人已经达成调解协议并申请撤诉，或者法院尚未正式立案，那么一般情况下，全部费用都是可以退还的。
二、特殊情况下的处理
小额诉讼程序：
- 对于适用小额诉讼程序审理的案件，由于其本身就属于简易程序的一种特殊类型，案件受理费可能已经在最初就减半收取。因此，在撤诉时通常不再重复减半退费。
法庭辩论终结后的撤诉：
- 有些地方法院在考虑是否在法庭辩论终结后允许撤诉并退还费用时，可能会更加谨慎。因为此时法院已经投入了较多的司法资源进行案件审理，所以有可能会决定不予退还或者减少退还案件受理费的比例。但这种情况相对较少，并且需要有明确的法律依据和合理的裁量理由。
三、实际操作建议
- 由于不同法院在具体操作上可能存在差异，为了确保获得最准确的信息和流程指导，建议当事人在考虑撤诉并希望了解具体退款金额和流程时，直接咨询所在法院的立案庭或相关工作人员。他们将能够提供针对个案的具体建议和帮助。
四、法律后果提示
- 如果当事人不补缴案件受理费而直接撤诉，且法院最终决定不予退还已缴纳的部分费用，那么当事人将需要承担这部分费用的损失。因此，在决定撤诉前，当事人应充分了解相关规定和流程，以便在必要时做出正确的决策。
五、进一步思考
- 当事人在考虑撤诉时，除了关注案件受理费的退还问题外，还应考虑撤诉可能带来的其他法律后果，如诉讼时效的中断、对方可能提出的反诉等。因此，在做出撤诉决定前，建议当事人全面评估各种因素，并咨询专业律师的意见。
如有任何关于刑事辩护或行政纠纷领域的法律问题，可以直接向我咨询。