部分撤诉后，案件受理费的处理方式通常为：法院会根据撤诉部分对应的诉讼标的额，按比例退还部分诉讼费用，但原告仍需承担已进行诉讼程序部分的费用。具体分析如下：

1. 退费原则
   根据《诉讼费用交纳办法》第十五条，原告申请撤诉且法院准许的，已交纳的案件受理费由法院退还一半。若案件涉及多个诉讼请求（如同时主张赔偿和确认合同效力），原告仅撤回部分请求时，法院会按撤诉部分对应的诉讼标的额占全部标的额的比例，计算应退还的费用。例如：原告起诉要求赔偿10万元并确认合同无效，后撤回赔偿请求，若赔偿部分标的额占比80%，则可能退还80%的对应诉讼费。

2. 例外情形

   • 调解结案：若撤诉是因双方达成调解协议，法院可能根据调解结果调整退费比例，甚至要求原告承担全部费用（如调解中原告自愿放弃部分诉求且承担费用）。
     
   • 恶意撤诉：若法院认定原告撤诉存在滥用诉讼权利、拖延诉讼等恶意，可能不予退费或仅退还极小部分。
     
   • 简易程序转普通程序：若案件因撤诉前已适用普通程序（如组成合议庭审理），即使部分撤诉，法院也可能按普通程序标准收取费用，退费比例相应降低。

3. 操作流程
   原告需在撤诉时向法院提交书面退费申请，并附缴费凭证、撤诉裁定书等材料。法院审核后，通常会在1-3个月内将应退费用直接汇入原告指定账户。若对退费金额有异议，可在收到退费通知后10日内向法院申请复核。

建议：若您涉及部分撤诉，可提前与承办法官沟通退费比例，并在撤诉裁定书中明确记载“准许撤回部分诉讼请求”及具体内容，以便法院准确计算退费金额。如有复杂情况（如涉及财产保全费、鉴定费等），可进一步向我咨询具体处理方式。