在交通事故中，如果肇事者（车主或其允许的驾驶员）为伤者垫付了医疗费，并在后续向保险公司申请报销时，报销款项的归属问题主要取决于事故责任的划分以及保险赔付的具体规则。以下是对这一问题的详细解答：
一、车主全责或主责的情况
保险赔付流程：
- 当事故由车主（或其允许的驾驶员）负全部或主要责任时，且车辆已投保交强险和商业三者险，伤者的医疗费将首先由交强险在限额内进行赔付（最高赔付限额通常为1.8万元）。
- 如果医疗费超过交强险的赔付限额，超额部分将由商业三者险按照责任比例进行承担。
- 若商业三者险的赔付仍不足以覆盖全部医疗费，那么剩余部分将由车主自行承担。
垫付费用的处理：
- 保险直接支付伤者：在伤者已经通过诉讼或调解确认了赔偿金额的情况下，保险公司可以直接将医疗费支付给伤者。
- 车主代垫费用返还：如果车主在事故发生后先行垫付了医疗费，那么车主需要提供医疗票据给保险公司以申请理赔。在理赔过程中，理赔款通常会优先用于偿还车主的垫付款。如果理赔款超过车主的垫付款，剩余部分将支付给伤者。例如，如果总医疗费为5万元，车主垫付了3万元，而保险理赔了4万元，那么保险公司将先返还车主3万元，再向伤者支付剩余的1万元。
二、伤者自身责任的情况
- 如果事故由伤者负全部或主要责任，那么车主无需承担赔偿责任。在这种情况下，车主之前垫付的费用将视为借款性质，伤者需要全额返还给车主。
三、特殊情况说明
未购买保险或保额不足：
- 如果车主未投保交强险或商业三者险，或者保额不足以覆盖事故造成的全部损失，那么车主需要自行承担超出部分的赔偿责任。
法律救济途径：
- 如果伤者拒绝返还车主垫付的款项，车主可以通过法律途径来维护自己的权益。例如，车主可以向法院提起民事诉讼要求伤者返还垫付款，或者申请诉前财产保全来冻结伤者的账户。在维权过程中，车主需要提供转账记录、收据等证据来支持自己的主张。
四、建议操作流程
- 保留证据：车主应保存所有医疗票据的原件以及垫付凭证，以便在后续申请理赔或维权时使用。
- 及时报案：车主应向交警部门提交事故认定书，作为责任划分的依据。
- 协商处理：在可能的情况下，车主应与伤者签订书面协议，明确垫付款的处理方式，以避免后续纠纷。
- 法律咨询：在复杂情况下，车主可以委托律师介入处理，以确保自己的权益得到充分保障。
综上所述，交通事故中肇事者垫付的医疗费在报销后的归属问题需要根据事故责任的划分和保险赔付规则来确定。车主应了解相关流程并保留好相关证据，以便在需要时维护自己的权益。