在交通事故中，垫付的医药费保险公司会赔偿给谁，这个问题主要取决于垫付人的身份以及保险合同的约定。以下是对此问题的详细解答：

一、垫付人是被保险人或其允许的驾驶人

• 赔偿对象：在这种情况下，如果相关情况符合保险合同的具体约定，保险公司通常会把赔偿款支付给被保险人。
• 原因：被保险人是保险合同的相对方，双方存在明确的权利和义务关系。保险公司依据保险合同的条款，需要向被保险人履行赔付义务。
• 结果：当被保险人拿到赔偿款后，之前垫付的医药费就能够得到相应的补偿。

二、垫付人是第三方（如道路交通事故救助基金等）

• 赔偿对象：当垫付人是第三方时，保险公司一般会按照相关规定，将赔偿款支付给垫付医药费的第三方。
• 原因：这样做的目的是为了充分保障第三方的权益，确保其垫付的费用能够得到合理的偿还。
• 实例：例如，在某起事故中，如果救助基金垫付了伤者的费用，那么保险公司应按规定将赔偿款支付给救助基金。

三、特殊情况说明

• 交强险的垫付：根据《机动车交通事故责任强制保险条例》，在特定情况下（如事故属于交强险责任范围），交强险保险公司有义务在接到公安机关交通管理部门通知并核对后，及时向医疗机构支付或垫付抢救费用。
• 肇事方的责任：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，肇事方在责任范围内有垫付医药费的义务。如果肇事方垫付了医药费，那么后续可以通过保险公司的赔付来补偿这部分费用。

四、总结与建议

• 明确责任与义务：事故发生后，及时与对方、保险公司或相关部门协商明确责任和义务至关重要。
• 保留证据：无论是被保险人还是第三方垫付医药费，都应保留好相关证据（如医疗费用发票、垫付证明等），以便后续向保险公司索赔。
• 寻求专业咨询：在处理交通事故垫付医药费的问题时，如遇到复杂情况或争议，建议寻求专业法律咨询以确保自身权益不受损害。

综上所述，交通事故中垫付的医药费保险公司会赔偿给谁，主要取决于垫付人的身份以及保险合同的约定。在实际操作中，应根据具体情况灵活处理，并及时与保险公司、对方当事人或相关部门沟通协商。