公司员工在物流运费上做假账，公司可要求员工承担赔偿责任，具体赔偿方式需根据实际情况确定，可能涉及民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。以下从不同角度详细分析：

一、民事赔偿角度

1. 赔偿范围
   员工做假账导致公司直接经济损失的，公司有权要求员工赔偿全部损失。例如：

   • 虚报运费导致公司多支付的款项；
     
   • 因虚假账目引发的税务罚款、审计费用等额外支出；
     
   • 因账目问题导致的合同违约赔偿（如供应商因账目不清终止合作）。
     

2. 举证责任
   公司需提供证据证明员工存在故意做假账的行为（如伪造单据、篡改数据等），以及损失与员工行为之间的因果关系。建议公司保留以下证据：

   • 虚假账目原始凭证（如发票、合同）；
     
   • 员工承认造假的书面或录音证据；
     
   • 第三方机构（如审计公司）出具的损失评估报告。

二、行政处罚角度

若员工行为违反《会计法》《税收征收管理法》等法规，可能面临行政处罚：

1. 对员工：

   • 财政部门可对直接负责的主管人员和其他责任人员处以罚款（如《会计法》第43条，可对个人处3000元以上5万元以下罚款）；
     
   • 税务机关可追缴税款、加收滞纳金，并处罚款（如《税收征收管理法》第63条，对偷税行为可处不缴或少缴税款50%至5倍罚款）。
     

2. 对公司：
   若公司存在管理过失（如未建立有效财务监督制度），可能被责令整改，甚至面临行政处罚（如罚款、停业整顿）。

三、刑事责任角度

若员工做假账涉及金额较大或情节严重，可能构成犯罪：

1. 职务侵占罪（《刑法》第271条）：

   • 员工利用职务便利，将公司财物非法占为己有，数额较大的（6万元以上），可处3年以下有期徒刑或拘役；数额巨大的（100万元以上），可处3年以上10年以下有期徒刑。
     
   • 例如：员工通过虚报运费将差价转入自己账户。
     

2. 挪用资金罪（《刑法》第272条）：

   • 员工挪用公司资金归个人使用，数额较大（10万元以上）且超过3个月未还，或进行营利活动、非法活动的，可处3年以下有期徒刑或拘役。
     

3. 非国家工作人员受贿罪（《刑法》第163条）：

   • 员工为他人谋取利益并收受财物，数额较大的（6万元以上），可处3年以下有期徒刑或拘役；数额巨大的（100万元以上），可处3年以上10年以下有期徒刑。
     
   • 例如：员工与物流公司勾结，通过虚报运费收取回扣。
     

4. 诈骗罪（《刑法》第266条）：

   • 若员工以非法占有为目的，通过虚构事实、隐瞒真相骗取公司财物，数额较大的（3000元至1万元以上），可处3年以下有期徒刑、拘役或管制。
     

四、公司应对建议

1. 立即止损：

   • 暂停涉事员工职务，封存相关账目和电子数据；
     
   • 委托审计机构核查损失金额，固定证据。
     

2. 内部处理：

   • 根据公司规章制度（如《员工手册》）对员工进行处分（如警告、辞退）；
     
   • 要求员工签署《赔偿协议》，明确赔偿金额和方式。
     

3. 法律追责：

   • 向公安机关报案（若涉嫌犯罪）；
     
   • 向法院提起民事诉讼，要求员工赔偿损失。
     

4. 完善制度：

   • 建立物流费用审批流程，实行双人核对制度；
     
   • 定期开展财务合规培训，强化员工法律意识。
     

提示：具体赔偿金额和责任需结合案件细节（如造假金额、员工主观恶意、公司管理漏洞等）综合判断。若需进一步分析，可提供具体案情（如造假方式、涉及金额、员工职位等），我将为你定制解决方案。