您好，关于您提到的“军人有私生子该怎么处理”这一问题，这实际上涉及到了破坏军婚的法律范畴。首先，需要明确的是，如果军人在婚姻存续期间与他人非婚生育子女，这一行为不仅违反了社会道德，更可能触犯法律，特别是当这一行为涉及到与现役军人配偶的不正当关系时。
一、法律层面
根据《中华人民共和国刑法》第二百五十九条的规定，明知是现役军人的配偶而与之同居或者结婚的，构成破坏军婚罪，将面临三年以下有期徒刑或者拘役的处罚。在您提到的案例中，方某明知李某是现役军人配偶，却与其保持同居关系并生育一小孩，最终被法院以破坏军婚罪判处有期徒刑二年五个月，这一判决充分体现了法律对破坏军婚行为的严厉打击。
二、道德层面
除了法律层面的制裁，军人作为社会的特殊群体，其婚姻和家庭生活也受到社会的高度关注。军人在婚姻中应坚守忠诚和责任，任何背叛婚姻的行为都会受到社会的谴责。同时，对于非军人的第三方，也应尊重军人的婚姻和家庭，避免介入或破坏军人的婚姻关系。
三、处理建议
军人方面：如果军人发现自己有私生子的情况，应首先反思自己的行为，并承担起相应的责任。如果这一行为涉及到了破坏军婚，那么军人应主动接受法律的制裁，并努力修复与配偶的关系，或者妥善处理离婚等后续事宜。
配偶方面：如果军人的配偶发现了这一情况，应保持冷静和理智，通过合法途径维护自己的权益。可以寻求法律援助，了解相关法律规定和维权途径，必要时可以向法院提起诉讼，要求军人承担相应的法律责任。
社会层面：社会应加强对军人的关爱和支持，同时加强对破坏军婚行为的打击力度。通过宣传教育等方式，提高公众对军人婚姻和家庭的认识和尊重，营造良好的社会氛围。
总之，军人有私生子的情况是一个复杂而敏感的问题，需要从法律、道德和社会等多个层面进行综合考虑和处理。希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。