专业用植物新品种权侵权赔偿获得利益的公司，其行为是否违法，需根据具体情况来判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 侵权赔偿的合法性基础：

   • 当一家公司未经授权使用了受保护的植物新品种，并因此被权利人起诉侵权时，如果法院最终判定该公司构成侵权，并要求其支付赔偿金，那么该公司支付赔偿金的行为本身是合法的，这是对其侵权行为的法律后果的承担。
   • 在此情况下，公司获得“利益”（即避免了因不支付赔偿金而可能面临的更严重的法律后果，如强制执行、罚款等）并非通过非法手段，而是法律程序下的结果，因此不构成违法。

2. 侵权行为的违法性：

   • 关键在于公司是否实施了侵犯植物新品种权的行为。如果公司确实未经授权使用了受保护的植物新品种，并进行了生产、销售等商业活动，那么这一行为本身是违法的，侵犯了权利人的植物新品种权。
   • 侵权行为的违法性不因其后续是否支付赔偿金而改变。即使公司最终支付了赔偿金，其之前的侵权行为仍然是违法的，需要承担相应的法律责任。

3. 赔偿后继续侵权的违法性：

   • 如果公司在支付赔偿金后，继续未经授权使用受保护的植物新品种，那么这一行为仍然是违法的。赔偿金的支付并不意味着公司获得了继续侵权的许可或权利。
   • 权利人有权再次起诉公司，要求其停止侵权行为，并可能要求支付额外的赔偿金或承担其他法律责任。

4. 法律后果与责任：

   • 对于侵犯植物新品种权的行为，公司可能面临民事责任（如停止侵权、赔偿损失）、行政责任（如罚款、没收违法所得）甚至刑事责任（如构成犯罪时）。
   • 赔偿金的支付只是民事责任的一部分，公司还需要承担其他可能的法律责任，具体取决于侵权行为的严重程度和法律规定。

建议：

• 公司应严格遵守植物新品种权的相关法律法规，避免未经授权使用受保护的植物新品种。
• 如果公司确实需要使用受保护的植物新品种，应事先与权利人协商并获得授权，以合法的方式使用并支付相应的费用。
• 如果公司已经实施了侵权行为，应尽快停止侵权行为，并与权利人协商赔偿事宜，以减轻法律后果和责任。

如果你或你的公司面临类似的问题，或者有任何关于植物新品种权、商标权、版权域名等知识产权领域的疑问，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。