农科院所利用植物新品种权牟利并不违法。下面是对此问题的详细分析：

一. 植物新品种权与专利权的关系

1. 根据《中华人民共和国专利法》第二十五条，植物新品种本身并不被授予专利权，即植物新品种不属于专利的保护范畴。
2. 但该法条同时规定，对植物新品种的生产方法，可以依照专利法的规定授予专利权。这意味着，虽然植物新品种本身不能获得专利保护，但其生产方法却可以获得专利保护。

二. 植物新品种权的性质与牟利

1. 植物新品种权是一种知识产权，它赋予育种者对其培育的新品种享有排他的使用权和转让权。
2. 育种者可以通过转让新品种权或者许可他人使用新品种权来获取经济利益，这是合法的牟利行为。
3. 农科院所作为育种者，有权利用其所培育的植物新品种权进行牟利，只要这种牟利行为不违反相关法律法规和合同约定。

三. 结论

• 农科院所利用植物新品种权牟利并不违法，因为植物新品种权是一种合法的知识产权，育种者有权通过转让或许可使用来获取经济利益。
• 需要注意的是，牟利行为应遵守相关法律法规和合同约定，不得侵犯他人的合法权益。

综上所述，农科院所利用植物新品种权牟利是合法的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。