劳动赔偿一般是按照应发工资来计算的，而非实发工资。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律原则与规定
经济补偿金计算基数：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条的规定，经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，这包括了计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。这意味着在计算经济补偿金时，应以劳动者的应发工资作为基数，而非实发工资。
应发工资的定义：
- 应发工资是指劳动者在正常提供劳动的情况下应得的劳动报酬，它包括了基本工资、加班工资、奖金、津贴、补贴等各项收入。这些收入都是劳动者在付出劳动后应当获得的报酬，因此在计算经济补偿金时应予以考虑。
实发工资的差异：
- 实发工资是劳动者实际到手的工资，它可能因个人所得税、社保公积金个人部分、公司代扣的其他费用（如水电费、罚款）等因素而低于应发工资。由于这些扣除项并非基于劳动者的劳动付出或工作表现，因此在计算经济补偿金时不应将其纳入考虑范围。
二、具体赔偿事项中的工资计算
经济补偿：
- 根据《劳动合同法》，用人单位在某些情形下需向劳动者支付经济补偿，按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准执行。这里的“月工资”指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，且为应发工资。
- 计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月平均工资（应发工资）
工伤赔偿：
- 停工留薪期工资：职工因工作受伤或患职业病需暂停工作接受医疗的，停工留薪期内原工资福利待遇不变，按月支付，这里同样指应发工资。
- 其他工伤待遇：如一次性伤残补助金等，也通常以本人工资为基数计算。本人工资指工伤前12个月平均月缴费工资，若用人单位足额缴纳社保，则缴费工资即应发工资。
未休年假工资：
- 对职工应休未休的年休假天数，单位应按该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。日工资按应发工资除以月计薪天数（21.75天）折算。
三、特殊情况下的处理
扣除项的合理性：
- 如果用人单位存在不合理克扣工资的情况，如未经法定程序擅自扣除员工工资，那么这部分被扣除的工资也应计入应发工资中，作为计算经济补偿金的基数。
未支付工资的考量：
- 在某些情况下，如用人单位拖欠工资或未足额支付工资，劳动者在主张经济补偿金时，可以将未支付的工资部分也纳入应发工资的计算范围。
四、举例说明
以员工小李为例，其月应发工资为10000元，包括基本工资6000元、绩效奖金3000元、交通补贴1000元。在扣除个人所得税、社会保险费和住房公积金等费用后，小李的实发工资为8000元。然而，若小李符合获得经济补偿的条件，且经济补偿按一个月工资计算，那么他的经济补偿金将基于应发工资10000元来计算，而非实发的8000元。
总结与建议：
在处理劳动赔偿问题时，应明确以应发工资作为计算基数，这更能真实反映劳动者的劳动报酬水平，合理体现其劳动价值。同时，劳动者应保留好相关证据材料，如工资条、社保缴纳记录等，以便在需要时证明自己的应发工资情况。若遇到复杂的劳动赔偿问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。