在买卖双方都不知道交付时货物已有天然孳息的情况下，孳息的归属主要依据交付原则来确定，同时也要考虑双方是否有特别约定。以下是对这一问题的详细分析：
交付原则：
- 根据《民法典》的相关规定，在货物买卖合同中，孳息的归属通常以标的物的交付时间为界限。这意味着，如果货物在交付前已经产生或即将产生天然孳息（如果实、幼崽等），这些孳息在交付前原则上归出卖人所有。
- 相反，如果货物在交付后产生天然孳息，那么这些孳息则归买受人所有。这一原则是基于货物所有权的转移来确定的，即货物交付后，买受人成为货物的所有权人，因此有权享有货物产生的孳息。
约定优先原则：
- 尽管交付原则是确定孳息归属的一般规则，但如果买卖双方在合同中对孳息的归属有明确且具体的约定，那么这些约定将优先适用。
- 这意味着，无论货物是否已交付，只要合同中的约定不违反法律法规的强制性规定，双方都应按照约定来确定孳息的归属。因此，在签订货物买卖合同时，双方应明确约定孳息的归属，以避免未来可能产生的纠纷。
特殊情况下的处理：
- 如果双方都不知道交付时货物已有天然孳息，且合同中没有明确约定孳息的归属，那么应依据交付原则来确定。即，如果孳息是在交付前产生的，归出卖人所有；如果是在交付后产生的，归买受人所有。
- 在实际操作中，如果双方对孳息的归属存在争议，且无法通过协商解决，那么可能需要通过法律途径来裁决。在这种情况下，法院或仲裁机构会根据相关法律法规和合同约定，结合案件的具体情况，来作出公正的裁决。
法律建议：
- 在签订货物买卖合同时，双方应尽可能明确约定孳息的归属，以避免未来可能产生的纠纷。
- 如果合同中没有明确约定，且双方对孳息的归属存在争议，建议首先通过协商解决。如果协商无果，可以考虑寻求法律途径来裁决。
- 在处理孳息归属问题时，应充分考虑法律法规的强制性规定，确保合同的合法性和有效性。
可能的法律后果：
- 如果双方能够协商解决孳息的归属问题，那么可以避免法律纠纷和可能的法律费用。
- 如果双方无法协商解决，且通过法律途径裁决，那么败诉方可能需要承担法律费用和可能的赔偿费用。
综上所述，对于买卖双方都不知道交付时货物已有天然孳息的情况，孳息的归属主要依据交付原则来确定，同时也要考虑双方是否有特别约定。在处理这类问题时，建议双方首先通过协商解决，如果协商无果，再考虑寻求法律途径来裁决。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。