运输两轮电动车本身并不直接因数量而构成违法，是否违法取决于是否满足相关运输规定和安全要求。若未按规定运输，交通执法部门会根据具体情况进行相应处理。具体分析如下：
合法运输的情形：
- 如果运输的两轮电动车符合道路交通安全法律法规的要求，比如车辆本身合法（有合格证、未被改装等）、运输方式合规（如使用专用运输车辆、固定措施得当等），那么无论运输多少辆，都不构成违法行为。例如，商家使用合规的货车，按照规定的装载方式运输多辆新电动车去门店，这是合法的商业运输行为。
违法运输的情形及处理：
- 超限运输：如果运输的两轮电动车数量过多，导致运输车辆超载、超长、超宽、超高，违反了《中华人民共和国道路交通安全法》中关于机动车载物应当符合核定的载质量，严禁超载，载物的长、宽、高不得违反装载要求等规定。交通执法部门会责令消除违法行为，比如要求卸载超出的部分，并根据具体情况处以罚款，一般罚款金额在二百元以上五百元以下；如果因此引发交通事故或者造成其他严重后果的，还会面临更严厉的处罚。
- 非法改装运输车辆：为了运输更多的两轮电动车，对运输车辆进行非法改装，如拆除车厢栏板、加长车厢等，这违反了车辆改装的相关规定。交通执法部门会责令恢复原状，并处以五百元以上二千元以下的罚款。
- 运输违规车辆：如果运输的两轮电动车本身是拼装车、报废车或者经过非法改装不符合安全标准的车辆，那么运输行为也是违法的。交通执法部门除了对运输行为进行处理外，还会对违规车辆进行收缴、强制报废等处理。
在处理违法运输两轮电动车的行为时，交通执法部门会遵循法定程序，包括现场检查、取证、告知当事人违法事实和处罚依据、听取当事人的陈述和申辩等环节，确保处罚的合法性和公正性。
如果您在运输两轮电动车过程中遇到相关法律问题，或者对交通执法部门的处理有疑问，可以直接向我咨询，我会为您提供详细、专业的解答。