公司一般无权通过门禁进出对员工进行罚款，但具体情况需结合公司规章制度及实际行为性质判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从法律层面看
   根据《劳动合同法》及相关法规，用人单位并非行政执法机关，不具有罚款权。若公司以“迟到”“未打卡”等门禁相关理由直接扣减工资，可能涉嫌违法。例如：

   • 若公司规章制度未明确约定“未按时通过门禁视为旷工”，或未经过民主程序（如职工代表大会讨论）公示，则扣款行为缺乏法律依据；
     
   • 即使规章制度合法，扣款金额也不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 从公司管理角度
   公司可通过门禁记录作为考勤管理的辅助依据，但需与工资扣减严格区分：

   • 合法方式：将门禁数据与考勤制度结合，如“未在规定时间刷门禁且未提交补卡申请，按缺勤处理”，再根据缺勤天数扣减绩效或全勤奖（需在劳动合同或规章制度中明确约定）；
     
   • 违法风险：若公司直接以“未刷门禁”为由单方面扣减基本工资，或扣款金额明显不合理（如迟到1分钟扣100元），员工可主张返还并要求赔偿。

3. 特殊情形

   • 故意损坏门禁设备：若员工因个人原因（如恶意破坏、强行闯入）导致设备损坏，公司可依据《民法典》要求员工赔偿实际损失，但需提供证据（如监控录像、维修发票）；
     
   • 违反安全规定：若公司门禁涉及安全生产（如化工企业需刷卡进入危险区域），员工拒不配合可能导致公司依据规章制度处分（如警告、调岗），但仍不可直接罚款。

建议：若公司以门禁为由扣款，员工可先核对规章制度是否合法有效，再通过协商或劳动仲裁维护权益。如有具体案例，可进一步向我描述细节，我会帮你分析法律风险。